Sprawa toczyła się od 2007 roku. Wówczas AMW wystąpiła o zwrot bonifikaty udzielonej przy zakupie przez miasto terenów przy ulicach Janickiego i Mickiewicza. Agencja wytoczyła Szczecinowi proces, ponieważ - według niej - sprzedał on nabytą od niej nieruchomość przed upływem wymaganego prawem terminu. Dlatego uznała, że miasto powinno zwrócić bonifikatę wraz z odsetkami, czyli ok. 22 mln zł. Sąd okręgowy we wrześniu 2010 r. zdecydował, że miasto ma oddać połowę tej sumy - 11,5 mln zł - czyli bonifikatę za część nieruchomości. Od tego wyroku miasto złożyło apelację, którą sąd uznał i zmienił wyrok pierwszej instancji. Sąd apelacyjny stanął na stanowisku, że miasto sprzedając nieruchomość szkole wyższej z bonifikatą, działało tak, jakby mogła działać AMW i nie odniosło z tego tytułu korzyści majątkowych. W tej sytuacji domaganie się przez Agencję zwrotu bonifikaty było swoistym nadużyciem prawa - uznał wówczas sąd. Od tego orzeczenia skargę kasacyjną skierowała do Sądu Najwyższego AMW. Agencja udzieliła Szczecinowi bonifikaty przy sprzedaży mu w 2003 r. nieruchomości po byłych koszarach wojskowych. Nieruchomość wartą ok. 26 mln zł Agencja sprzedała miastu za 7,5 mln zł. Nieruchomość została potem podzielona i sprzedana przez miasto m.in. tamtejszej Akademii Rolniczej. Na części działek znajdują się: sąd apelacyjny, szczeciński oddział Instytutu Pamięci Narodowej oraz komisariat policji. AMW uważała, że nieruchomość została sprzedana miastu z bonifikatą w trybie ustawy o gospodarce nieruchomościami, co - według niej - oznaczało, że miasto nie mogło jej sprzedać przed upływem 10 lat od transakcji kupna. W dodatku nieruchomość miała służyć zadaniom własnym gminy, czego też nie dotrzymano - utrzymywała Agencja.