Papież spędził w Licheniu dwie noce z 6 na 7 i z 7 na 8 czerwca 1999 r. Apartamenty, o powierzchni 50 m kw., znajdują się w starej części Sanktuarium Maryjnego. Jest tutaj salonik, sypialnia, jadalnia, łazienka, przedpokój i mała kaplica. Gospodarze sanktuarium, księża marianie, postarali się o to, by wyposażenie mieszkania przypominało papieżowi, że znajduje się w ojczyźnie. Wystrój kaplicy zlecili góralom z Zakopanego, a na biurku postawili kopię zdjęcia małego Karola Wojtyły z mamą. Apartamenty papieskie to także pozostawione w nich przez papieża pamiątki: różaniec, stuła, kielich z pateną, lekcjonarz i piuska. Można je oglądać do godz. 18. Sanktuarium w Licheniu jest jednym z miejsc, które podczas pielgrzymki do Polski w czerwcu 1999 r. odwiedził Jan Paweł II. Papież pobłogosławił wówczas, będącą jeszcze w budowie, bazylikę. Pięć lat później, kiedy gotowy kościół uroczyście święcono, Jan Paweł II w telegramie przesłanym z tej okazji na ręce ordynariusza diecezji włocławskiej, biskupa Wiesława Meringa, napisał m.in.: "Kiedy w roku 1999 dane mi było nawiedzić Licheń, patrzyłem na tę ogromną budowlę z myślą, że jej architektoniczny rozmach jest wyrazem wiary i miłości do Maryi i Jej Syna. Wiem też, że w tym samym duchu biskupi polscy uznali tę nową świątynię za wotum narodu polskiego na nowe milenium chrześcijaństwa". Pan Marek i jego żona z woj. dolnośląskiego byli pod wrażeniem, kiedy wyszli z apartamentów. - Nie spodziewaliśmy się, że ich wygląd jest taki zwyczajny, skromny i tym samym bliski polskiemu papieżowi. Może dlatego jesteśmy wzruszeni i chyba wrócimy tu za jakiś czas na dłużej - powiedzieli. Sanktuarium istnieje od ponad 150 lat. Do czasu koronacji cudownego obrazu Matki Boskiej Licheńskiej w 1967 r. odwiedzali je głównie wierni z okolicy. Po koronacji zaczęli tam przybywać pielgrzymi z całego kraju, a od kilku lat - także z zagranicy. Według szacunków gospodarzy sanktuarium, rocznie Licheń odwiedza około 2 milionów pielgrzymów, z tego 13 procent to obcokrajowcy z niemal wszystkich kontynentów.