Dotychczas w tym procesie sąd badał wątki korumpowania urzędników Ministerstwa Finansów oraz wyłudzenia dofinansowania na zakup samochodu z Funduszu SAPARD. Nielegalne przetrzymywanie, bicie i zastraszanie pracowników to kolejny wątek procesu byłego Senatora. Według zeznających we wtorek świadków, we wrześniu 1998 roku senator Stokłosa wraz ze swoimi pracownikami, w tym ochroniarzami, zwabił na teren zakładu kilku pracowników i inne osoby, które były przez senatora podejrzewane o kradzież paszy, kurcząt i prosiaków z jego fermy drobiu. Każdego z zatrzymanych w nocy lub rano przewożono do zakładu Farmutil w Śmiłowie, tam w biurze właściciela mieli być zmuszani psychicznie i fizycznie do podpisywania oświadczeń, że okradli firmę Stokłosy. Jeden z zatrzymanych podczas "przesłuchania" miał być pobity przez senatora pasem, inny był zastraszany i szantażowany. Po podpisaniu oświadczeń zatrzymani mieli być więzieni przez kilka godzin w ciemnym garażu. Potrzeby fizjologiczne załatwiali w rogu garażu. Rankiem tego samego dnia wręczono wszystkim zatrzymanym wypowiedzenia z pracy i zostali przekazani policji. Zatrzymani przez Stokłosę mężczyźni zostali później skazani za kradzieże w firmach senatora prawomocnymi wyrokami na kary więzienia w zawieszeniu i kary grzywny. Kiedy prokuratura wszczęła śledztwo w sprawie bezprawnego zatrzymania, były senator naciskał na swoich byłych pracowników, wytaczając im cywilne procesy o zniesławienie. W ramach ugody chciał, aby wycofali swoje zeznania obciążające go. Oskarżony Henryk Stokłosa po zeznaniach świadków oświadczał, że zeznania te są nieprawdziwe. Zadawał też pytania sugerujące, jakoby zeznania świadków były częścią akcji, która miała na celu atak na jego osobę. Proces Henryka Stokłosy rozpoczął się w kwietniu 2009 roku. Według oskarżenia Stokłosa miał wręczać urzędnikom łapówki w postaci alkoholu i wędlin wartości od kilkuset do kilku tysięcy złotych oraz gotówki w wysokości od 5 tys. do 100 tys. zł, w zależności od kwoty umorzeń podatkowych, które otrzymywał. Oprócz zarzutów korupcyjnych ma także zarzuty bezprawnego więzienia i bicia swoich pracowników, utrudniania pracy policji w sprawie postępowania dotyczącego zatrucia środowiska naturalnego, fałszowania oświadczenia o czynnym prawie wyborczym i wyłudzenia pieniędzy z funduszy Unii Europejskiej. Oskarżonej w tej sprawie księgowej Stokłosy, Elżbiecie N., postawiono zarzuty pomocnictwa w łapownictwie oraz w wyłudzeniach, a sędziemu sądu administracyjnego Ryszardowi S. - przyjmowania korzyści majątkowych (miał przyjąć od Stokłosy ok. 40 tys. zł). Kolejną rozprawę w tym procesie wyznaczono na środę.