Ze względu na długi dystans i trudną trasę bieg podzielony został na dwa etapy: sztafetowy i otwarty. W sztafetach wystartuje 125 biegaczy podzielonych na 5 zmian. Wystartują oni w sobotę o godz. 10 rano z Wadowic i pobiegną do Krakowa. Podzielona na cztery odcinki trasa zakończy się w Ośrodku Sportu i Rekreacji "Kolna" w Tyńcu. Bieg zespołów sztafetowych na trasie Wadowice - Tyniec będzie miał charakter symboliczny, bez rywalizacji sportowej. O klasyfikacji końcowej zespołów sztafetowych decydować będzie czas i miejsce zajęte przez zawodnika na ostatniej, piątej zmianie z Tyńca na ul. Franciszkańską. Uczestnicy biegu otwartego wystartują o godzinie 15 na trasę o długości około 13 km (z Tyńca na ulicę Franciszkańską). Zakończenie biegu przewidziane jest na godz. 17 pod Oknem Papieskim. Do biegu otwartego dopuszczonych zostanie pierwszych 500 zgłoszonych osób. Jak podkreśliła wiceprezydent Krakowa Magdalena Sroka na konferencji prasowej poprzedzającej wydarzenie, bieg papieski łączy w sobie wartości zarówno sportowe, jak i duchowe. - Bieg papieski niewątpliwie jest wydarzeniem, które wpisuje się po pierwsze w rok beatyfikacji, pokazuje również, jak ważne są te wartości, których symbolem był Jan Paweł II: wytrwałość, dążenie do celu, aktywność. Właśnie tak aktywnie chcemy pokazać, że życie aktywne jest wartościowe - podkreśliła wiceprezydent. Wyraziła również nadzieję, że w przyszłych latach bieg przekształci się w imprezę cykliczną - ultramaraton. Bieg Śladami Jana Pawła II to nowa inicjatywa Krakowa, realizowana w ramach programu "Kraków Biega, Kraków Spaceruje". Termin biegu został wybrany dla upamiętnienia ostatniej pielgrzymki Jana Pawła II do Polski, która miała miejsce w Krakowie w dniach od 16 do 19 sierpnia 2002 roku. Patronat honorowy nad Biegiem Śladami Jana Pawła II objął metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz.