Organy w olsztyńskiej katedrze składają się z ponad 3,5 tysiąca piszczałek - od miniaturowych, których długość sięga zaledwie kilku milimetrów, do kilkumetrowych. Remont pochodzącego z XIX wieku instrumentu przeprowadzała firma z Niemiec. - Tak gruntownego remontu organy nie przeszły od chwili ich zamontowania, odnowienie ich było niezbędne - powiedział w niedzielę ks. Andrzej Lesiński, proboszcz olsztyńskiej katedry. Ks. Lesiński nie chciał ujawnić ile kosztował remont, konserwacja i strojenie instrumentu. Remont organów w olsztyńskiej katedrze rozpoczął się w 2006 roku. Gdy instrument był całkowicie zdemontowany, podczas mszy używano mniejszych organów zamontowanych przy ołtarzu. Ks. Lesiński podkreślił, że olsztyńska katedra jest jedynym na Warmii kościołem, który posiada dwa niezależne od siebie instrumenty organowe. Katedra św. Jakuba jest najstarszym olsztyńskim kościołem, została zbudowana w XIV wieku. Na zamontowanych tu w XIX wieku organach grał m.in. kompozytor "Roty" Feliks Nowowiejski, który w latach 1898-1900 był w katedrze św. Jakuba organistą.