Prokuratura Okręgowa w Łomży zarzuciła Małkowskiemu podejmowanie nieprawidłowych działań podatkowych, dotyczących firmy Polmozbyt. Akt oskarżenia stwierdza, że Małkowski "będąc prezydentem Olsztyna jako funkcjonariusz publiczny nie dopełnił swoich obowiązków służbowych przez to, że wydawał decyzje bez uwzględnienia interesów finansowych urzędu, które reprezentował, przy braku merytorycznego uzasadnienia i wbrew opiniom poszczególnych wydziałów Urzędu Miasta Olsztyna". Małkowski nie przyznał się do winy i przed sądem powiedział, że wydał decyzje o umorzeniu podatku z tytułu użytkowania wieczystego gruntu Polmozbytowi za 2006 rok, ponieważ firma ta była w kłopotach finansowych i chciał jej pomóc. Podatek umorzył jej, jak dodawał, w ramach pomocy publicznej. Zaznaczył jednak, że gdy z biegiem czasu nabrał przekonania, że decyzja ta jest błędna, to wycofał się z niej i ostatecznie Polmozbyt uiścił całą kwotę wraz z odsetkami. - Nie przyznaję się do zarzucanych mi czynów i chcę powiedzieć, że nie do końca postawiony mi zarzut rozumiem, nie wiem o co w nim naprawdę chodzi(...). Polmozbyt jest spółką Skarbu Państwa, która działała na gruncie Skarbu Państwa i spółką, której dochody są dochodami Skarbu Państwa, a nie gminy. Zatem zarzut, że działałem na szkodę miasta choćby z tego powodu chybiony. Nie podejmowałem decyzji, które by szkodziły miastu lub państwu - powiedział Małkowski. Dodał, że w czasie jego 7-letnich rządów w Olsztynie decyzję tego rodzaju podjęto tylko raz. Po odebraniu wyjaśnień od Małkowskiego sąd przerwał proces do 15 lutego, wtedy zamierza przesłuchać świadków. Przeciwko Małkowskiemu toczy się wciąż śledztwo w sprawie tzw. seksafery, gdzie przedstawiono mu zarzuty molestowania seksualnego kilku urzędniczek i zgwałcenia jednej z nich. Ponieważ prowadząca śledztwo w tej sprawie Prokuratura Okręgowa w Białymstoku zwróciła się do biegłych o kolejną opinię, postępowanie to zawieszono na najbliższe miesiące. W poniedziałek adwokat Małkowskiego mecenas Ryszard Afeltowicz powiedział, że zaskarżył tę decyzję. - Uważamy, iż postępowanie w takiej sprawie nie może trwać latami. W tej chwili trwa już ono ponad dwa lata i jeśli prokuratura będzie czekać na jakieś kolejne opinie następny rok, to rozstrzygnięcie tej sprawy nie nastąpi w rozsądnym terminie - powiedział Afeltowicz, dodając, że jego zdaniem opinie, którymi już dysponuje prokuratura "są absolutnie jasne, wyczerpujące". - Problem polega na tym, że te opinie i wnioski z nich wynikające nie są dla prokuratury wygodne, podważają postawione zarzuty i tutaj należy doszukiwać się konieczności zawieszenia postępowania - dodał Afeltowicz. Małkowski nie chciał w poniedziałek rozmawiać z dziennikarzami ani o sprawie gospodarczej, ani o seksaferze. Poinformował jedynie, że zgadza się na pokazywanie jego twarzy i podawanie nazwiska, bo - jak zaznaczył - nie ma sobie nic do zarzucenia. Podając sądowi dane personalne Małkowski poinformował, że utrzymuje się teraz z emerytury. Ze stanowiska prezydenta miasta został odwołany jesienią 2008 roku w referendum, które rozpisano po ujawnieniu tzw. seksafery.