Chodzi m.in. o nieprawidłowości przy przetargu na wywóz śmieci z miasta, sprzedaż ziemi pod budowę centrum handlowego czy umorzenia podatkowe. Śledztwa te wcześniej prowadziła Prokuratura Okręgowa w Olsztynie. Już w styczniu tamtejsi śledczy mówili, że Małkowski usłyszy zarzuty. Później akta przeniesiono do Łomży. Z informacji gazety wynika, że prokuratorzy kończą już wątki dotyczące bezpodstawnych umorzeń podatków dwóm olsztyńskim firmom oraz sprzedaży przez miasto atrakcyjnej działki małżeństwu biznesmenów. Jeszcze w tym roku Najwyższa Izba Kontroli prześwietli wszystkie przetargi organizowane w ratuszu za kadencji Małkowskiego. Czesław Małkowski jest także podejrzany o molestowanie urzędniczek i zgwałcenie jednej z nich.