B. prezydentowi prokuratura zarzuca przekroczenie uprawnień i działanie na szkodę gminy, gdyż zdaniem śledczych wbrew przepisom o finansach publicznych i gospodarce nieruchomościami umorzył on opłaty za użytkowanie wieczyste jednej z firm w Olsztynie na kwotę 40 tys. złotych. Prokurator powiedziała, że oskarżony nie przyznał się do zarzucanego czynu, złożył wyjaśnienia tłumacząc, że działał zgodnie z prawem. Kudyba dodała, że z decyzją o umorzeniu podatku firmie przez prezydenta nie zgodził się wydział geodezji i gospodarki nieruchomościami urzędu miasta. Pozostałe wątki gospodarcze dotyczące niedopełnienia obowiązku przy oddaniu w użytkowanie wieczyste a potem sprzedaż nieruchomości położnej przy ulicy Bartąskiej, a także remontu ulicy Sielskiej oraz działania na szkodę miejscowego Zakładu Gospodarki Odpadami Komunalnymi prokuratura wcześniej umorzyła. Akt oskarżenia liczy 12 stron. Małkowskiemu grozi kara do 3 lat pozbawienia wolności. Prokuratura w Łomży zajęła się publiczną działalnością b. prezydenta Olsztyna ponad rok temu. Wiosną 2008 roku w śledztwie tym postawiono Małkowskiemu dwa zarzuty dotyczące niedopełnienia obowiązków i działania na szkodę miasta - dotyczyły one m.in. odraczania i zwolnienia z opłaty za użytkowanie wieczyste gruntu należącego do Skarbu Państwa w Olsztynie. Przeciw Małkowskiemu ciągle toczy się śledztwo w białostockiej prokuraturze, która bada tzw. seksaferę z jego udziałem. W tej sprawie postawiono mu m.in. zarzut gwałtu. W związku z tym Małkowski był aresztowany przez pół roku, a ze względu na charakter sprawy prokuratura zezwoliła na publikację jego nazwiska. Prokuratura analizuje obecnie i uzupełnia opinie biegłych powołanych w tej sprawie, seksuologów i psychologów. Śledztwo przedłużone jest do końca roku. Czesław Małkowski został odwołany ze stanowiska prezydenta Olsztyna w referendum jesienią 2008 roku. Do głosowania doszło po tym, jak mimo apeli radnych nie zrzekł się dobrowolnie stanowiska.