Rogowski wystąpił o autolustrację, po tym jak współpracę z bezpieką zarzucił mu historyk z IPN. Rzecznik Sądu Okręgowego w Olsztynie Waldemar Pałka powiedział, że sąd przychylił się do wniosku ks. Rogowskego, bo jest on osobą publiczną, został pomówiony o współpracę z organami bezpieczeństwa PRL i ma prawo do obrony swego dobrego imienia. - Postępowanie lustracyjne przeprowadzone zostanie w oddziale białostockim IPN, który zgromadzi materiały nt. dziekana i w zależności od wyników tego postępowania sąd rozstrzygnie, czy oskarżenia o współpracy są prawdziwe - podkreślił Pałka. W marcu 2007 r. weszła w życie nowa ustawa lustracyjna, która m.in. zlikwidowała sąd lustracyjny, a orzekanie o prawdziwości oświadczeń lustracyjnych powierzyła sądom okręgowym w całym kraju. W maju 2007 r. Trybunał Konstytucyjny uznał za niekonstytucyjne 39 zapisów nowego prawa lustracyjnego - m.in. usunął z nowej ustawy zastrzeżenie, że o autolustrację mogą występować tylko osoby, które pełniły przed wejściem w życie ustawy funkcje publiczne w jej rozumieniu. Warunkiem wszczęcia autolustracji, o czym decyduje sąd okręgowy, jest "publicznie pomówienie" o związki ze służbami PRL. Pod rządami starej ustawy osoby, które nigdy nie pełniły funkcji publicznych, nie mogły oczyścić się z pomówienia o agenturalność przed Sądem Lustracyjnym. Teraz osoby, które nie zgadzają się z zapisami archiwów IPN na swój temat, mają też prawo załączyć do nich własne uzupełnienia, sprostowania, wyjaśnienia oraz dokumenty, ale dane już zawarte w dokumentach IPN "nie ulegają zmianie". Ks. prof. Cyprian Rogowski jest dziekanem wydziału teologii na Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie, a także członkiem Senatu uczelni. Informacje o jego ośmioletniej współpracy ze służbą bezpieczeństwa PRL pojawiły się miesiąc temu na łamach regionalnego miesięcznika "Debata". Artykuł zilustrowany kopiami dokumentów opublikował historyk z IPN w Olsztynie, Paweł Piotr Warot. Ks. prof. Rogowskiego nie było w środę w sądzie. Wcześniej mówił, że "czeka na decyzję sądu". Według publikacji Warota, ks. Rogowski miał być pozyskany do współpracy w 1982 r. i przyjąć pseudonim Kamil. Współpraca miała trwać osiem lat, a "Kamil" miał być "wyjątkowo ważnym i cennym źródłem informacji dla olsztyńskiej SB. Miał dostarczać licznych informacji dotyczących przede wszystkim Kościoła na Warmii, olsztyńskiej kurii i duchownych diecezji, a także Polonii z Włoch i Niemiec", gdzie ks. Rogowski wyjeżdżał na studia i kursy językowe. To właśnie chęć zdobycia paszportu na kolejne wyjazdy miała być powodem nawiązania współpracy przez ks. Rogowskiego - wówczas wikariusza - z SB. Historyk IPN na podstawie dokumentów twierdzi także, że w 1986 r. Rogowski został pozyskany jako kontakt operacyjny wywiadu PRL na terenie Niemiec. Współpraca ta miała trwać do 1989 r. "Debata" to bezpłatny miesięcznik regionalny, który od października 2007 r. wydaje olsztyński publicysta i politolog związany ze środowiskiem "Solidarności", Bogdan Bachmura. Często publikowane są tam teksty pracowników olsztyńskiej delegatury IPN o współpracy lokalnych notabli ze służbami bezpieczeństwa PRL.