W latach 1981-1982 Marek Siwiec pełnił funkcję
asystenta w Instytucie Elektroniki AGH.
Marek Siwiec - kariera zawodowa
W latach 1985-1987 Marek Siwiec był redaktorem naczelnym dwutygodnika "Student", w latach 1987-1990 - tygodnika "ITD", a następnie dziennika "Trybuna".
Od 1981 do 1982 roku Marek Siwiec był na stażu w firmie Gas and Fuel Corporation of Victoria w Australii.
Po zakończeniu pracy w Parlamencie Europejskim w 2014 roku, Marek Siwiec zajął się działalnością społeczną.
Zasiadał w radzie Fundacji Aleksandra Kwaśniewskiego "Amicus Europae".
Od 2016 roku Marek Siwiec kieruje fundacją Babyn Yar Holocaust Memorial Center (Centrum Pamięci o Holokauście - Babi Jar), której celem jest upamiętnienie zbrodni w Babim Jarze (Kijów, Ukraina). Marek Siwiec angażuje się w działania związane z upamiętnianiem historii, szczególnie w kontekście II wojny światowej i Holokaustu.
Marek Siwiec - kariera polityczna
W 1991 roku został posłem na Sejm I kadencji, startując z listy Wyborcza Akcja Katolicka. Po raz drugi został wybrany na posła w 1993 roku, kandydując z listy Sojuszu Lewicy Demokratycznej.
W latach 1993-1996 Marek Siwiec zasiadał w Krajowej Radzie Radiofonii i Telewizji.
W 1996 roku Marek Siwiec został sekretarzem stanu w Kancelarii Prezydenta RP, a od 1997 do 2004 był szefem Biura Bezpieczeństwa Narodowego.
Po przystąpieniu Polski do Unii Europejskiej w 2004 roku, Marek Siwiec zdobył mandat posła do Parlamentu Europejskiego. Reelekcję uzyskał w 2009 roku.
Od czerwca 2005 do czerwca 2006 roku pełnił funkcję przewodniczącego Stowarzyszenia Ordynacka.
Był członkiem komitetu wyborczego Włodzimierza Cimoszewicza w czasie wyborów prezydenckich w 2005.
W latach 2007-2009 obejmował stanowisko wiceprzewodniczącego PE. Był także koordynatorem grupy socjaldemokratycznej w pracach nad Euronest Parliamentary Assembly oraz przewodniczącym Delegacji ds. współpracy UE-Ukraina.
W grudniu 2012 roku Matek Siwiec zrezygnował z członkostwa w SLD, a 22 lutego 2013 roku został wraz z Aleksandrem Kwaśniewskim i Januszem Palikotem współtwórcą i członkiem ruchu "Europa Plus", który stał się koalicją ugrupować lewicowych i centrowych, a następnie wstąpił do partii Twój Ruch, z której odszedł w 2015 roku.
19 listopada 2025 r. marszałek Sejmu i współprzewodniczący Nowej Lewicy Włodzimierz Czarzasty ogłosił, że Marek Siwiec będzie powołany na szefa Kancelarii Sejmu. Kandydatura Marka Siwca uzyskała w tym samym dniu pozytywną opinię Komisji Regulaminowej i Spraw Poselskich. Kandydaturę Marka Siwca poparło 9 członków komisji, przeciw było 3 posłów, nikt nie wstrzymał się od głosu. "Wszystko, co zostało powiedziane na temat kontynuacji pewnych zobowiązań, pewnej ciągłości prac, zadań i tych planów (...) to jest jakby punkt wyjścia do planowania następnych dwóch lat" - powiedział Marek Siwiec podczas posiedzenia komisji. Tego samego dnia marszałek Sejmu Włodzimierz Czarzasty powołał Marka Siwca na szefa Kancelarii Sejmu.
Marek Siwiec - kontrowersje
Marek Siwiec znany jest z głośnego gestu, który wykonał podczas powitania prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego, we wrześniu 1997 roku. Na lotnisku w Ostrzeszowie, Marek Siwiec padł na kolana, ucałował ziemię i wykonał znak krzyża. Zdarzenie to zostało następnie ujawnione w 2000 roku.
Zachowanie to zostało uznane przez niektórych komentatorów za naśladowanie gestów papieża Jana Pawła II, który podczas pielgrzymek często po wyjściu z samolotu symbolicznie dotykał ziemi ręką i ją całował. Wykorzystał to w 2000 r. w kampanii prezydenckiej komitet wyborczy Mariana Krzaklewskiego. W wyborach, prezydenckich 8 października 2000 roku Marian Krzaklewski zdobył 2 739 621 głosów (15,57 proc.) i zajął trzecie miejsce. Wygrał Aleksander Kwaśniewski, któremu skandal nie zaszkodził, drugi był Andrzej Olechowski.
W listopadzie 2007 roku Instytut Pamięci Narodowej ujawnił, że 21 marca 1986 roku Marek Siwiec, który był wówczas wiceszefem Parlamentu Europejskiego, miał być zarejestrowany przez Służbę Bezpieczeństwa jako tajny współpracownik o pseudonimie Jerzy, a następnie 19 stycznia 1990 r. miał być wyrejestrowany w związku z rezygnacją. Nazwisko m.in. Marka Siwca znalazło się w ujawnionym w internecie katalogu IPN. Instytut Pamięci Narodowej zaczął wtedy publikować w sieci informacje o zawartości teczek między innymi: europosłów, ministrów w kancelariach prezydenta i premiera, parlamentarzystów, szefów Narodowego Banku Polskiego, Krajowej Rady Radiofonii i Telewizji oraz szefów Najwyższej Izby Kontroli.
Marek Siwiec - życie prywatne
Ojciec Marka Siwca był wicedyrektorem tarnobrzeskiego kombinatu siarkowego "Siarkopol", a jego matka pracowała jako prokurator.
Marek Siwiec prywatnie jest żonaty z Ewą, z którą ma dwoje dzieci.