Jedynym akcjonariuszem PKP S.A. jest Skarb Państwa. Ta jednoosobowa spółka dodatkowo pełni nadzór właścicielski nad spółkami Grupy PKP. Oprócz tego jest również jednym z największych właścicieli nieruchomości w kraju. W jej zasobach znajduje się około 100 tys. hektarów gruntów oraz w sumie aż 57 tys. budynków. Majątek PKP S.A. stanowią bowiem dworce kolejowe czy np. nieruchomości komercyjne.
PKP S.A. należy do Związku Pracodawców Kolejowych, Wspólnoty Kolei Europejskich, Międzynarodowego Związku Kolei w Paryżu, Zarządców Infrastruktury Kolejowej oraz Organizacji Współpracy Kolei w Warszawie.
Przez lata spółka PKP S.A. przechodziła szereg zmian organizacyjnych. Trzykrotnie kolejnictwem bezpośrednio zarządzał specjalnie powołany do tego resort. Przez wiele lat szefem spółki był minister komunikacji. Trzykrotnie powoływano także Dyrekcję Generalną PKP.
PKP S.A. z siedzibą w Warszawie
W latach 1928-1929 wybudowano dla kolei kompleks budynków w Warszawie przy ul. Targowej 74.
Po drugiej wojnie światowej kolej dzieliła siedzibę z Ministerstwem Infrastruktury, znajdującym się przy ul. Chałubińskiego 4-6. Następnie zarząd PKP S.A. w 2000 przeniósł się na ul. Szczęśliwicką 62 do budynku byłego internatu Technikum Kolejowego, który znajduje się niedaleko dworca PKP Warszawa Zachodnia.
Od 2016 roku siedziba spółki znajduje się w warszawskim biurowcu West Station (al. Jerozolimskie 142 A).
Reforma PKP S.A. i funkcjonowanie kolei po zmianach
Od 2001 roku trwa reforma PKP, którą zapoczątkowało wejście w życie ustawy z 8 września 2000 roku o komercjalizacji i restrukturyzacji przedsiębiorstwa państwowego. Głównym celem pierwszych zmian była restrukturyzacja i sprzedaż spółek kolejowych. Prace restrukturyzacyjne objęły też wydzielanie kolejowej infrastruktury czy porządkowanie statusów prawnych nieruchomości oraz ich sprzedaż.
W ramach zmian powołano do życia spółkę PKP S.A. i wydzielono pozostałe spółki kolejowe. Jednym z elementów reformy było wyłączenie ze struktur PKP wszystkich kolei wąskotorowych i przekazanie ich samorządom lokalnym.
Wynikiem wspomnianej reformy było też powołanie 1 maja 2005 roku Oddziału Dworce Kolejowe. Jego zadanie to zapewnienie zarówno podróżującym, jak i osobom korzystającym z dworców odpowiedniego standardu usług.
17 sierpnia 2022 roku w siedzibie PKP S.A. podpisano umowę o utworzeniu holdingu Grupy PKP, w skład którego weszły wszystkie spółki należące do grupy z wyjątkiem spółki PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. W składzie holdingu, mającego wzmocnić pozycję polskich kolei na rynku, znalazły się spółki związane z przewozem pasażerów i towarów, spedycją oraz logistyką, modernizacją i utrzymaniem infrastruktury kolejowej, budownictwem, informatyką i telekomunikacją, zarządzaniem nieruchomościami czy utrzymaniem całego taboru.
Aktualnie PKP S.A. jest jednym z największych w Polsce zarządców nieruchomości i właścicielem blisko 90 proc. czynnych dworców kolejowych w całym kraju.