W marcu 2006 roku w pierwszym procesie ten sam sąd uniewinnił Kowalczyka, uznając, że nie informując prokuratury o "przecieku" informacji nt. planowanej akcji CBŚ w Starachowicach i składając fałszywe zeznania, realizował on swoje prawo do obrony. Przyjął też, że b. szef policji był pierwszym źródłem "przecieku" i zasugerował, że można by go oskarżyć za ujawnienie tajemnicy państwowej. Od wyroku odwołała się prokuratura. W marcu 2007 roku Sąd Najwyższy, który rozpatrywał apelację, uchylił pierwszy wyrok sądu rejonowego, ale zastrzegł, że w nowym procesie może znów zapaść uniewinnienie i to nawet korzystniejsze dla b. szefa policji, bo stwierdzające, że nie popełnił on żadnego przestępstwa.