Jak przypomniał w specjalnym komunikacie do wiernych biskup sandomierski Andrzej Dzięga, rok 2006, a więc tysięczny od przybycia benedyktynów na górę Łysiec, stał się - decyzją papieża Benedykta XVI - rokiem jubileuszowym na Świętym Krzyżu. Z racji wzrastającej stale liczby pielgrzymów, Ojciec Święty wyraził zgodę na przedłużenie jubileuszu wraz z przywilejem odpustu zupełnego - do 3 czerwca tego roku. W czasie jubileuszu świętokrzyskie sanktuarium relikwii krzyża świętego nawiedziły setki tysięcy pielgrzymów z kraju i zagranicy. Poszczególnym uroczystościom przewodniczyli: prymas Polski kardynał Józef Glemp, metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz, kard. Stanisław Nagy, a także przybyły wraz z narodową pielgrzymką prymas Węgier - kard. Peter Erde. Jubileusz przyczynił się do ustalenia kalendarza dorocznych uroczystości w sanktuarium. Na pierwsze miejsce wysuwają się: Wielki Piątek z nabożeństwem Drogi Krzyżowej od Nowej Słupi, odpust tytułu kościoła sanktuaryjnego - w Uroczystość Trójcy Św., odpust Przenajdroższej Krwi Pańskiej oraz pielgrzymka rodzin - w pierwszą niedzielę lipca, oktawa Podwyższenia Drzewa Krzyża Świętego z pielgrzymką samorządowców w drugą niedzielę września i ogólnopolską pielgrzymką osób konsekrowanych 14 września oraz uroczystość Chrystusa Króla z pielgrzymką parlamentarzystów. - Ufam głęboko, że sanktuarium otrzymuje poprzez jubileusz nowe siły, aby ubogacać duchowo kolejne pokolenia naszego narodu. Ufam też, że liczne łaski otrzymywane przez pielgrzymów w roku minionym stają się istotnym pogłębieniem życia religijnego wielu rodzin i poszczególnych osób - podkreślił w liście do diecezjan ordynariusz sandomierski. Pobenedyktyńskie opactwo na Świętym Krzyżu obchodziło jubileusz 1000-lecia życia monastycznego zgodnie z utrwaloną tradycją. Naukowcy szacują, że mnisi pojawili się na Łysej Górze dopiero w latach 30. XII wieku. Przybycie relikwii z Węgier wiążą z początkiem XIV wieku. Od 70 lat gospodarzami klasztoru i kustoszami sanktuarium są ojcowie oblaci - misjonarze ofiarowani Maryi Niepokalanej.