Po odczytaniu przez prokuratora aktu oskarżenia sąd wyłączył jawność rozprawy, albowiem w jej trakcie mogą zostać ujawnione okoliczności objęte tajemnicą państwową i służbową. We wrześniu 2008 roku Sąd Okręgowy w Kielcach prawomocnie uniewinnił Kowalczyka od zarzutu niedopełnienia obowiązku służbowego w związku z "aferą starachowicką". Do ponownego rozpoznania skierował sprawę składania fałszywych zeznań i zatajania prawdy w śledztwie dotyczącym afery. Prokuratura Okręgowa w Rzeszowie zarzuciła generałowi niedopełnienie obowiązku służbowego oraz składanie fałszywych zeznań podczas śledztwa dotyczącego tzw. przecieku starachowickiego.