Po odczytaniu przez prokuratora zarzutów, sąd wyłączył jawność rozprawy. Sprawa wróciła do sądu pierwszej instancji decyzją Sądu Najwyższego. W marcu 2007 roku SN uchylił wyrok sądu rejonowego uniewinniający Kowalczyka od zarzutu ujawnienia tajemnicy w "sprawie starachowickiej" i fałszywych zeznań na ten temat, ale zastrzegł, że w nowym procesie może znów zapaść uniewinnienie i to nawet korzystniejsze dla b. szefa policji, bo stwierdzające, że nie popełnił on żadnego przestępstwa. SN, który miał jedynie rozstrzygnąć pytanie prawne badającego apelację Sądu Okręgowego w Kielcach, postanowił przejąć sprawę i samemu orzec w sprawie odwołania złożonego od wyroku kieleckiego sądu rejonowego. W marcu 2006 r. ten kielecki sąd uniewinnił Kowalczyka uznając, że nie informując prokuratury o "przecieku" informacji o planowanej akcji CBŚ w Starachowicach i składając fałszywe zeznania, realizował on swoje prawo do obrony. Przyjął też, że b. szef policji był pierwszym źródłem wycieku i zasugerował, że można by go oskarżyć za ujawnienie tajemnicy państwowej. Taka konstrukcja prawna uznająca, że doszło do przestępstwa, ale oskarżony nie ponosi za nie odpowiedzialności, nazywa się kontratypem. Sąd Okręgowy w Kielcach miał badać apelację prokuratury od wyroku I instancji, ale zadał pytanie prawne SN: czy można skazać za fałszywe zeznania świadka, który złożył je z obawy przed postawieniem mu zarzutów w sprawie pozostającej w bezpośrednim związku z innym procesem, w którym składał zeznania. Sąd Najwyższy - badający w wyjątkowym trybie apelację prokuratury - zakwestionował istnienie kontratypu i uznał, że nie może być mowy o przestępstwie Kowalczyka, bo ówczesny wiceszef MSWiA Zbigniew Sobotka był uprawniony do otrzymywania tajnych informacji i nadzorował policję. SN ustalił, że Antoni Kowalczyk nie mógł popełnić przestępstwa ujawnienia tajemnicy państwowej, co jednak nie oznacza, że nie można go skazać za fałszywe zeznania i przekroczenie uprawnień, o co go oskarżono. Rzecz w tym, że zachowań tych nie można usprawiedliwić obawą przed odpowiedzialnością za ujawnienie tajemnicy, albowiem nie było to przestępstwem. Z tego tylko powodu uchylono wyrok uniewinniający jako oparty na wadliwym prawnie założeniu. Kwestii ustaleń faktycznych w nowym procesie i wyniku tego procesu nie przesądzono. W wyroku sąd zaznaczył, że paradoksalnie może się okazać, iż Kowalczyk uzyska znów wyrok uniewinniający, i to jeszcze korzystniejszy, bo stwierdzający, że nie popełnił żadnego przestępstwa. W 2005 r. w procesie dotyczącym wycieku tajnych informacji o planowanej akcji zostali skazani byli posłowie SLD Andrzej Jagiełło i Henryk Długosz - odpowiednio na rok i półtora roku więzienia - oraz były wiceszef MSWiA Zbigniew Sobotka - na 3,5 roku więzienia. Sobotkę w grudniu 2005 r. ułaskawił odchodzący prezydent Aleksander Kwaśniewski, który złagodził mu karę do roku więzienia w zawieszeniu na 2 lata. Jagiełło opuścił więzienie przedterminowo we wrześniu 2006 r. Krakowski Sąd Okręgowy udzielił w środę warunkowego przedterminowego zwolnienia po odbyciu połowy kary Długoszowi. Sprzeciw wobec tego postanowienia zgłosiła prokuratura, która wystąpiła o pisemne uzasadnienie decyzji sądu. Długosz pozostanie w areszcie albo do czasu uprawomocnienia się decyzji sądu - nastąpi to, gdy prokuratura nie złoży zażalenia na warunkowe przedterminowe zwolnienie, lub do decyzji sądu apelacyjnego - gdy zażalenie prokuratury zostanie złożone, a sąd utrzyma w mocy postanowienie o warunkowym zwolnieniu. Sprawa "przecieku starachowickiego" dotyczy wydarzeń z marca 2003 roku. Według ustaleń sądów w Kielcach i Krakowie, Sobotka uzyskał od gen. Kowalczyka informacje o tajnej akcji CBŚ przeciwko starachowickim przestępcom. Przekazał je następnie posłowi Długoszowi, a ten Jagielle. Informacja o zamiarach policji dotarła do dwóch samorządowców starachowickich, a następnie do osoby podejrzewanej o kierowanie rozpracowywaną grupą przestępczą - Leszka S.