Rozprawa odbywa się przy drzwiach zamkniętych. Sąd wyłączył jawność rozprawy, albowiem - jak powiedziała sędzia Dorota Baran - podczas przesłuchania świadka mogą zostać ujawnione okoliczności, które ze względu na ważny interes państwa powinny być zachowane w tajemnicy. Sprawa gen. Kowalczyka, uniewinnionego od zarzutu ujawnienia tajemnicy w "sprawie starachowickiej" i fałszywych zeznań na ten temat, wróciła do sądu rejonowego decyzją Sądu Najwyższego. W marcu 2007 roku SN uchylił pierwszy wyrok tego sądu, ale zastrzegł, że w nowym procesie może znów zapaść uniewinnienie i to nawet korzystniejsze dla b. szefa policji, bo stwierdzające, że nie popełnił on żadnego przestępstwa. W marcu 2006 r. sąd rejonowy uniewinnił Kowalczyka, uznając, że nie informując prokuratury o "przecieku" informacji o planowanej akcji CBŚ w Starachowicach i składając fałszywe zeznania, realizował on swoje prawo do obrony. Przyjął też, że b. szef policji był pierwszym źródłem wycieku i zasugerował, że można by go oskarżyć za ujawnienie tajemnicy państwowej. Od wyroku odwołała się prokuratura. Prokuratura Okręgowa w Rzeszowie oskarżyła Kowalczyka o to, że jako komendant główny policji nie poinformował prokuratury o popełnieniu przestępstwa ściganego z urzędu, czyli o wycieku tajnych informacji z Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji o planowanej akcji policji w Starachowicach. Drugi z zarzutów dotyczy wielokrotnego składania fałszywych zeznań i zatajania prawdy w Prokuraturze Okręgowej w Kielcach podczas śledztwa w sprawie tzw. przecieku starachowickiego.