Skrzydło opackie klasztoru oo. Cystersów istniało jeszcze w czasach współczesnych. Rozebrano je w 1945 r. To najmniej rozpoznany fragment klasztoru, aczkolwiek istnieje ikonografia, zdjęcia, inwentaryzacja jeszcze z carskich czasów. Obecnie na jego miejscu stoi ołtarz polowy. - Od lat myślimy o utworzeniu muzeum cysterskiego. Tymczasem nie ma miejsca, w którym mogłoby ono powstać. Są co prawda zabytkowe piwnice, ale one pozwalają na urządzenie wyłącznie lapidarium. Odbudowanie skrzydła opackiego pozwoliłoby na urządzenie muzeum z prawdziwego zdarzenia. Jest jednak wiele wątpliwości czy odbudowę podejmować, a jeżeli tak, to w jaki sposób? Podstawą do dyskusji na ten temat są badania archeologiczne - uważa architekt Leszek Gałczewski, od lat zaangażowany w rewaloryzację klasztoru. - W związku z dyskusją na temat przyszłości skrzydła opackiego ponownie odsłoniliśmy pozostałości północnego narożnika pałacu opackiego przy klasztorze. Tam mieściło się pomieszczenie w źródłach określane jako tzw. garderoba opata. Relikty po raz pierwszy zostały przebadane w 2002 r. Ponowne ich odkrycie jest elementem przygotowywanych przez specjalny zespół założeń do przyszłych prac badawczych. Byłaby to druga po badaniach skrzydła wschodniego wielka akcja w obrębie opactwa - twierdzi archeolog Beata Kwiatkowska-Kopka z Zamku Królewskiego na Wawelu. Nad przyszłością skrzydła opackiego 20 września, w czasie międzynarodowego spotkania naukowego na interdyscyplinarnym forum dyskutować będą historycy, architekci, archeolodzy. W pracach przygotowawczych do spotkania biorą także udział: archeolog Anna Kowalska oraz Jan Gałczewski, który pod kierunkiem prof. Andrzeja Kadłuczki robi na wydziale architektury Politechniki Krakowskiej dyplom na temat koncepcji architektonicznej muzeum w obrębie opactwa cysterskiego w Jędrzejowie. O tym, że odbudowa zburzonego skrzydła klasztoru nie jest mrzonką, niech świadczy fakt, że benedyktyni z Tyńca za unijne pieniądze odbudowali z ruin bibliotekę. To, że bardzo współcześnie, może budzić spore kontrowersje.