W inauguracji nowego szefa państwa, zwanego "biskupem ubogich" i znanego z bezpardonowej walki z korupcją, wzięło udział 15 tysięcy ludzi, w tym 9 szefów państw i 97 delegacji zagranicznych. Lugo w końcu lipca otrzymał dyspensę od papieża Benedykta XVI, w rezultacie której został przeniesiony do stanu świeckiego. W grudniu 2006 roku, kiedy Lugo podejmował decyzję o starcie w wyborach prezydenckich, poprosił papieża o przeniesienie do stanu świeckiego. Jednak Watykan suspendował go "a divinis", co oznacza wydanie zakazu sprawowania czynności kapłańskich. Lugo, zafascynowany południowoamerykańską teologią wyzwolenia, stanął na czele lewicowej koalicji Patriotycznego Sojuszu na Rzecz Zmian. W kwietniowych wyborach prezydenckich pokonał kandydatkę rządzącej Paragwajem od 60 lat Partii Colorado - Blankę Ovelar.