Rzecznik zginął 10 kwietnia w katastrofie prezydenckiego samolotu koło Smoleńska. Po mszy pogrzebowej na Jasnej Górze spoczął - zgodnie ze swoją wolą - w rodzinnym grobowcu na cmentarzu Kule, obok rodziców: Marty i Jana. - Nie było sprawy, której nasz szef by nie podjął, nawet wbrew opinii większości i tzw. poprawności politycznej, jeśli tylko uznał, że zagraża ona prawom obywatelskim, czy może pogorszyć działanie instytucji państwa - mówił o zmarłym jego zastępca, obecnie pełniący obowiązki Rzecznika Stanisław Trociuk. - Żegnamy człowieka, który był humanistą wysokiej próby; kochał naukę, uwielbiał dobrą sztukę, znał się na modzie i obyczajach, miał swój styl. Potrafił być skutecznym menedżerem - mówił Trociuk, podkreślając, że Rzecznik miał skonkretyzowane i wyraziste, czasem budzące kontrowersje poglądy, ale potrafił też słuchać i zmieniać zdanie; wszystko co robił, służyło obronie praw i interesów obywateli. Trociuk zapamiętał Kochanowskiego jako "człowieka, który kochał ludzi i szukał dla nich lepszego, sprawiedliwszego świata; który wierzył w Boga w niebiosach i w prawo tu, na ziemi". Marzył o "wolnej i silnej Polsce - kraju, który będzie należał pod każdym względem do największych w Europie". Zastępca Rzecznika wyliczał liczne inicjatywy Kochanowskiego i jego niestandardowe działania. Jako swoisty testament Rzecznika wskazał jego list do rosyjskiego ombudsmana, by wspólnie uznać Katyń za miejsce pojednania i spotkań Polaków i Rosjan. Minister sprawiedliwości Krzysztof Kwiatkowski podkreślił, że Kochanowski traktował swoją misję znacznie szerzej niż tylko przeciwdziałanie bieżącym naruszeniom wolności i praw obywatelskich; proponował też rozwiązania instytucjonalne, zapobiegające naruszaniu praw w przyszłości. - Swoją misję wykonał w sposób pełny; on zdał swój egzamin w sposób najpiękniejszy - stawał nie tylko w obronie i tworząc zmiany prawa, ale stawał przede wszystkim w obronie każdego człowieka, który tej obrony potrzebował. Pamiętał, że reprezentuje prawa wszystkich obywateli, każdego z nich z osobna. Często mówił, że ci ludzie nie mogą walczyć sami, że potrzebują kogoś, kto będzie o ich prawa walczył. I robił to w sposób najpełniejszy - dodał Kwiatkowski. Minister zapamiętał Kochanowskiego jako człowieka niezwykle oddanego swoim obowiązkom, wykonującego je z pasją, a jednocześnie człowieka o niezwykle szerokich horyzontach, odważnego, którego cechował hart ducha. - Nie bał się nigdy iść pod prąd wypowiadanych opinii, poglądów, nawet tych powszechnych; ale lubił także żartować z siebie i z osób, które szanował, jednocześnie wszędzie tam gdzie sprawa tego wymagała zachowując powagę najwyższą - wspominał Kwiatkowski. Podczas uroczystości pogrzebowych odczytano również specjalny list prezesa Prawa i Sprawiedliwości Jarosława Kaczyńskiego, którego partia wysunęła Kochanowskiego na stanowisko Rzecznika Praw Obywatelskich. Prezes podkreślił, że Rzecznik nie zawiódł pokładanych w nim nadziei. J. Kaczyński wspomniał m.in. prawniczą spuściznę Kochanowskiego, który w 1983 r. wykazał bezprawność stanu wojennego i wyroków wydawanych na jego podstawie. Już jako RPO Kochanowski zaskarżył dekret o stanie wojennym do Trybunału Konstytucyjnego. "Polacy mieli Rzecznika, który był dżentelmenem w każdym calu, perfekcjonistą i erudytą, polskim patriotą, który potrafił też z pożytkiem dla kraju pielęgnować relacje z zagranicą; który ze wszystkich rzeczy tego świata najpoważniej traktował swoją pracę i służbę publiczną; który był człowiekiem niezłomnych zasad, kryształowej uczciwości i tytanicznej pracy; który bezkompromisowo bronił sprawiedliwości i świadczył o niej" - napisał J. Kaczyński. Prezes PiS wskazał, że Kochanowski formułował swe opinie z "precyzją właściwą najlepszym prawnikom; bez patosu i egzaltacji, a zarazem bez względu na to, czy ich treść była dobrze widziana przez tę czy inną organizację, jedną czy drugą redakcję, a także przez tych kolegów po fachu, którzy opanowali sztukę bycia zawsze w zgodzie z aktualnym w danym czasie kanonem politycznej poprawności". Kaczyński podkreślił, że Rzecznik "był i do końca pozostał niezależny". Przypomniał, że Kochanowski upominał się m.in. o sprawiedliwą oceną dokonań IPN. Mszę pogrzebową w Kaplicy Matki Bożej na Jasnej Górze odprawił metropolita częstochowski, abp Stanisław Nowak. Wspominał Kochanowskiego jako człowieka mocy ducha i piękna charakteru; odważnego i bezkompromisowego, a przy tym wyjątkowo ciepłego; który "nie bał się iść pod prąd w słusznych sprawach i bronić słabszych". Jak mówił hierarcha, zmarły Rzecznik zawsze działał w myśl zawołania: "Bóg, Honor, Ojczyzna", a źródła jego życiowej postawy tkwiły w Częstochowie, skąd pochodził. Przywiązywał wielką wagę do historii; postulował m.in. obowiązkowe wyjazdy polskiej młodzieży do Katynia. Decyzją pełniącego obowiązki prezydenta marszałka Sejmu Bronisława Komorowskiego zmarły Rzecznik został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski "za wybitne zasługi w służbie państwu i społeczeństwu". Ceremonia pogrzebowa Janusza Kochanowskiego - osoby świeckiej - na Jasnej Górze była czymś wyjątkowym, bo zwykle żegnani są tu wyłącznie zakonnicy. Wcześniej zdarzyło się to m.in. w 1924 r., gdy do Polski sprowadzono trumnę z prochami Henryka Sienkiewicza. W pogrzebie Rzecznika uczestniczyli m.in. parlamentarzyści, przedstawiciele rządu, ombudsmani z Czech i Słowacji, przedstawiciele świata nauki i palestry. Był też twórca Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy Jerzy Owsiak. Janusz Kochanowski był Rzecznikiem Praw Obywatelskich piątej kadencji - pełnił tę funkcję od 2006 r. Był prawnikiem, wykładowcą uniwersyteckim, dyplomatą. 18 kwietnia skończyłby 70 lat.