Metropolię nowojorską objął z mianowania papieża Jana Pawła II w 2000 roku i kierował nią do roku 2009. Po zamachach terrorystycznych z 11 września 2001 roku w szpitalu na dolnym Manhattanie udzielał osobiście rannym sakramentu ostatniego namaszczenia, przewodniczył wielu pogrzebom. Był wybitnym znawcą prawa kościelnego i mówił biegle po łacinie. Jan Paweł II wziął go do pomocy przy przeglądzie prawa kanonicznego.