W związku z ujawnieniem w 2002 roku molestowania, jakiego miał dopuszczać się wobec seminarzystów, abp Paetz otrzymał zakaz odprawiania mszy i udzielania sakramentów na terenie archidiecezji poznańskiej. Zakaz ten cofnięto - wynika z informacji uzyskanych w Watykanie. Abp Paetz od chwili zdymisjonowania go z urzędu metropolity poznańskiego przez Jana Pawła II, a następnie nałożenia na niego ograniczeń dotyczących posługi na terenie jego archidiecezji, w ostatnich latach zabiegał w Watykanie o ich cofnięcie. Nałożone zaś zostały na prośbę jego następcy, arcybiskupa Stanisława Gądeckiego. Kilkakrotnie abp Paetz był na audiencjach generalnych Benedykta XVI. Po ich zakończeniu podchodził do papieża i z nim rozmawiał. W czerwcu 2009 roku otrzymał od Benedykta XVI tradycyjny telegram gratulacyjny z okazji 50-lecia święceń kapłańskich. Tymczasem kuria metropolitalna w Poznaniu zdementowała dzisiaj informacje prasy na temat rezygnacji z funkcji metropolity poznańskiego arcybiskupa Gądeckiego. Jak poinformował w oświadczeniu ks. Maciej Szczepaniak, rzecznik prasowy poznańskiej kurii, abp Gądecki nie złożył rezygnacji z funkcji metropolity i żadne pismo w tej sprawie nie zostało przekazane Stolicy Apostolskiej. Rzecznik Episkopatu Polski, ks. Józef Kloch, pytany czy wie cokolwiek o rezygnacji metropolity poznańskiego, odpowiedział, że "wczoraj, gdy abp Gądecki przyjechał do Olsztyna, nie wyglądał na zrezygnowanego". W Olsztynie trwa zebranie plenarne Konferencji Episkopatu Polski. W 2002 "Rzeczpospolita" w tekście "Grzech w Pałacu Arcybiskupim" napisała, że abp Paetz molestował seksualnie kleryków i księży. Według dziennika, o skłonnościach homoseksualnych hierarchy wiadomo było od co najmniej dwóch lat. Metropolita ustąpił ze stanowiska, ale pozostał w Poznaniu jako biskup senior. Nigdy nie potwierdził stawianych mu zarzutów. Żaden z rzekomo pokrzywdzonych kleryków nie złożył zawiadomienia w sprawie molestowania, więc sprawa nie była badana też przez prokuraturę.