- Wyrażam ogromną radość, a wraz ze mną cała akademia, Kościół krakowski i nie tylko, z tego powodu, że Ojciec św. osobiście zechciał o tym zadecydować - powiedział kard. Dziwisz. Metropolita krakowski przypomniał burzliwe dzieje uczelni, m.in. lata 50. XX w., kiedy to komunistyczne władze usunęły Wydział Teologiczny z Uniwersytetu Jagiellońskiego. - Trzeba przypomnieć, że ten wydział, który miał wielowiekową tradycję, został w 1954 r. wyrzucony z UJ, właściwie chciano zniszczyć w ogóle naukę kościelną w Polsce - stwierdził metropolita krakowski. Rektor uczelni ks. prof. Jan Maciej Dyduch przypomniał brzmienie piątkowego dekretu Stolicy Apostolskiej, w którym podkreślono, że papież Benedykt XVI podniósł PAT do godności Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II "pragnąc uhonorować pamięć swego umiłowanego Poprzednika Sługi Bożego Jana Pawła II". Władze uczelni wyjaśniły, że zmiana nazwy i podniesienie rangi uczelni mają charakter prestiżowy, ale też dają możliwości dalszego rozwoju. Aby mogło dojść do przekształcenia akademii w uniwersytet podległy bezpośrednio Stolicy Apostolskiej, uczelnia musiała spełnić wszelkie wymogi stawiane uniwersytetom papieskim. Konieczne było m.in. powołanie nowego, piątego wydziału - nauk społecznych. Na świecie jest kilkanaście uniwersytetów papieskich, najbardziej znane działają m.in. w Rzymie i Salamance. Wszystkie wydziały, instytuty oraz kierunki takich uczelni ściśle podlegają władzy watykańskiej Kongregacji Edukacji Katolickiej. Starania o przekształcenie PAT w Uniwersytet Papieski Jana Pawła II trwały od kilku lat. Władzom uczelni bardzo zależało na takim uhonorowaniu papieża-Polaka, bo to właśnie Jan Paweł II w 1981 r. powołał PAT. Wówczas uczelnia zatrudniała 46 pracowników i miała 367 studentów. Dziś studentów jest prawie dziesięciokrotnie więcej. Uniwersytet Papieski Jana Pawła II ma obecnie 5 wydziałów i 9 kierunków. Studiuje na nim ponad 3,2 tys. studentów i pracuje ponad 300 osób, z czego przeszło 200 to pracownicy dydaktyczni. Rocznie uczelnia udziela 550-600 magisteriów i ok. 40 doktoratów.