Zmianom strukturalnym towarzyszą daleko idące zmiany personalne. Do głosu dochodzi nowe pokolenie hierarchów. Jedną z pierwszych decyzji 62-letniego Cyryla było odsunięcie na boczny tor jego rywala w walce o patriarszy tron - 59-letniego metropolity kałuskiego i borowskiego Klemensa, uchodzącego za przywódcę konserwatywnego skrzydła Cerkwi. Największe, jak dotychczas, zmiany nastąpiły w dwóch kluczowych pionach Patriarchatu Moskiewskiego - Departamencie Stosunków Zewnętrznych i Departamencie Administracyjnym. Tym pierwszym, zanim 1 lutego stanął u sterów całej Cerkwi, kierował sam Cyryl. Szefem drugiego był właśnie Klemens. Patriarcha przekształcił jeden z wydziałów Departamentu Stosunków Zewnętrznych w samodzielny Departament Współpracy Cerkwi ze Społeczeństwem. Zajmie się on kontaktami z parlamentami, partiami politycznymi i innymi instytucjami społeczeństwa obywatelskiego w Rosji, krajach WNP, a także na Litwie, Łotwie i w Estonii. Na czele tej nowej jednostki Cyryl postawił jednego ze swoich najbliższych współpracowników - protojereja Wsiewołoda Czaplina. Ten 40-letni duchowny przez kilkanaście lat był rzecznikiem Patriarchatu Moskiewskiego. Oczekuje się, że wkrótce zostanie on wyświęcony na biskupa. Drugiego ze swoich byłych zastępców w Departamencie Stosunków Zewnętrznych - dotychczasowego biskupa Wiednia i Austrii Hilariona, patriarcha wyznaczył na swojego następcę na czele tej struktury, nazywanej cerkiewnym MSZ. Nowy szef cerkiewnej dyplomacji ma 42 lata. Jest jednym z najlepiej wykształconych hierarchów Cerkwi (studiował m.in. w Oksfordzie). Z Departamentem Stosunków Zewnętrznych związany jest od 1995 roku. Od 1997 roku odpowiadał w nim za relacje między chrześcijanami. Nowym biskupem Wiednia i Austrii, który nadzoruje również pozostałe eparchie rosyjskiej Cerkwi prawosławnej za granicą, został trzeci z dawnych zastępców Cyryla w Departamencie Stosunków Zewnętrznych - 45-letni biskup Marek. Natomiast z Departamentu Administracyjnego patriarcha wyłączył Wydział Finansowo-Gospodarczy i przekształcił go w samodzielną strukturę. Na czele nowego departamentu postawił archimandrytę Tichona, który dotąd kierował rosyjską misją duchowną w Jerozolimie. Dotychczasowy szef Departamentu Administracyjnego, metropolita Klemens został zwolniony z tej funkcji. Cyryl powierzył mu honorowe stanowisko szefa Rady Wydawniczej Patriarchatu Moskiewskiego. Usunął też Klemensa ze Świętego Synodu, kolegialnego organu przy patriarsze, kierującego Cerkwią w okresie między Soborami. Obowiązki szefa Departamentu Administracyjnego patriarcha powierzył 53-letniemu arcybiskupowi sarańskiemu i mordowskiemu Warsonofiuszowi. Cyryl utworzył również Departament Informacyjny, a na jego szefa wyznaczył Władimira Legojdę, dziekana Wydziału Dziennikarstwa Moskiewskiego Państwowego Instytutu Stosunków Międzynarodowych (MGIMO) oraz redaktora naczelnego popularnego wśród młodzieży prawosławnego pisma i portalu internetowego "Foma". 35-letni Legojda jest pierwszą od 1917 roku osobą świecką, która pokieruje jedną ze struktur Cerkwi. Cyryl podzielił także swoją dawną eparchię smoleńsko- kaliningradzką na dwie odrębne. Katedrę smoleńską powierzył 39- letniemu biskupowi Teofilaktowi, a kaliningradzką - 47-letniemu biskupowi Serafimowi. Komentując te zmiany, rzecznik Patriarchatu Moskiewskiego, ojciec Władimir Wigilianski oświadczył, że nowy patriarcha zgromadził wokół siebie ludzi, których od dawna zna i którym ufa. - Będzie to z pożytkiem dla Cerkwi, której potrzebne są zmiany - oznajmił o. Wigilianski.