Inicjatorem budowy kościoła, pierwszej świątyni katolickiej zbudowanej w tym mieście od podstaw po II wojnie światowej, był kardynał Stefan Wyszyński. Zabiegi o zgodę władz na tę inwestycję trwały wiele lat i zostały uwieńczone sukcesem dopiero na początku lat 80. Cały obiekt to dwie świątynie. Jedna z nich to Kościół Nawiedzenia, w którym czczona jest Matka Boża (kopia obrazu z Jasnej Góry), a druga to właściwy Kościół Św. Polskich Braci Męczenników - jest on kościołem nabożeństw świątecznych. 19 października 1984 r. ks. Popiełuszko odprawił tu ostatnią w swoim życiu mszę świętą, odmówił różaniec i poprowadził rozważania. Zakończył je zdaniem: "Módlmy się, abyśmy byli wolni od zastraszania, a przede wszystkim od żądzy odwetu i przemocy". Były to ostatnie słowa księdza skierowane do wiernych. Wbrew nadziejom tłumu wiernych, szczelnie wypełniającego świątynię, ks. Jerzy nie wygłosił kazania; źle się czuł tego dnia, miał gorączkę. W kościele wydarzenia te upamiętnia kaplica poświęcona pamięci ks. Popiełuszki. Do dziś przechowywany jest tu ornat, w którym kapłan odprawił ostatnie w swym życiu nabożeństwo. Szatę udostępniono twórcom filmu "Popiełuszko. Wolność jest w nas". Ornat miał na sobie odtwórca tytułowej roli, Adam Woronowicz, podczas kręcenia scen w bydgoskim kościele. Statystami w tej scenie byli w większości uczestnicy nabożeństwa sprzed 25 lat. W bydgoskiej świątyni przechowywany jest także kawałek bandaża z krwią kapłana. Był nim owinięty w szpitalu, w którym przeprowadzano sekcję zwłok. - Te relikwie umieszczone są w kaplicy Nowych Męczenników, na krzyżu. Dostałem je od matki księdza, kiedy odwiedziła nas podczas obchodów 20. rocznicy śmierci kapłana - wspomina ks. Romuald Binia, proboszcz parafii. Od dłuższego czasu zabiegał on także o tzw. relikwie proste, czyli fragmenty ciała błogosławionego ks. Jerzego dla swej świątyni. Przygotowano dla nich miejsce obok relikwiarza braci męczenników. Rocznicę męczeńskiej śmierci ks. Popiełuszki co roku bydgoszczanie obchodzą uroczyście. Pamiątką 25. rocznicy stały się w 2009 roku spiżowe drzwi, które symbolicznie przedstawiają nie tylko życie kapłana, ale przypominają też historię polskiego Kościoła i kraju w okresie PRL-u.