Jak mówił dziennikarzom metropolita krakowski, to że Benedykt XVI uczynił wyjątek i przyjął najwyższą godność dwóch krakowskich uczelni to "wielka radość i zaskoczenie". "Papieże nie przyjmują tego typu godności, wyjątek od tej reguły zrobił Jan Paweł II przyjmując doktorat honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego, nadany mu przez wszystkie wydziały tej uczelni" - tłumaczył kard. Dziwisz. Relacjonował, że na prośbę obu uczelni o przyjęcie godności emerytowany papież "nadesłał piękny list, w którym napisał, że Krakowowi, ze względu na przyjaciela Jana Pawła II, nie może odmówić i zrobi ten jedyny wyjątek od przyjętego postanowienia o nie przyjmowaniu żadnych godności i odznaczeń". W uchwale o nadaniu godności doktora honoris causa Benedyktowi XVI Senat Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II wśród zasług emerytowanego papieża wymienił m.in. niestrudzone dążenie do przywrócenia Europie jej duchowego wymiaru, życzliwe wsparcie działań uczelni zmierzających do przekształcenia Papieskiej Akademii Teologicznej w Uniwersytet Papieski Jana Pawła II oraz okazywanie szczególnej troski o piękno muzyki kościelnej i jej właściwe miejsce w sprawowaniu świętych obrzędów liturgicznych. "Przy tak historycznej okazji nie sposób nie podziękować Benedyktowi XVI za cały jego wkład w rozwój duchowy Kościoła i co za tym idzie także naszej uczelni" - zaznaczył rektor UP JPII ks. prof. Wojciech Zyzak. "W naturalny sposób, jako uczelnia papieska posiadająca wydziały teologiczny i filozoficzny, chcemy też uhonorować Benedykta XVI za jego ogromny dorobek teologiczny i filozoficzny" - dodał. W 2009 r. Benedykt XVI zdecydował o przekształceniu Papieskiej Akademii Teologicznej w Uniwersytet Papieski Jana Pawła II. Władzom uczelni bardzo zależało na takim uhonorowaniu papieża-Polaka, bo to właśnie Jan Paweł II w 1981 r. powołał PAT. Z kolei Senat Akademii Muzycznej jako zasługi uzasadniające decyzję o przyznaniu doktoratu honoris causa podał: wskazanie przez Benedykta XVI swoim przykładem wzorców postawy moralnej i obywatelskiej w wymiarze głęboko religijnym i humanistycznym, nauczanie, w którym odnosi się do wartości najwyższych oraz umiłowanie muzyki i wskazanie jej szczególnej roli jako integralnej części uroczystej liturgii Kościoła katolickiego. Rektor tej uczelni prof. Zdzisław Łapiński ocenił, że przyjęcie przez Benedykta XVI honorowego doktoratu obu uczelni to dla nich ogromny zaszczyt. Jak przypomniał, Akademia Muzyczna i Uniwersytet Papieski Jana Pawła II od wielu lat współpracują wspólnie prowadząc zajęcia z przedmiotu muzyka kościelna. "Było więc rzeczą naturalną, że obie uczelnie przyznały Benedyktowi XVI swoje najwyższe wyróżnienia znając jego zamiłowanie do muzyki" - zaznaczył. Wręczenie doktoratów honoris causa emerytowanemu papieżowi Benedyktowi XVI odbędzie się 3 lipca w Castel Gandolfo z zachowaniem skróconej formy ceremoniału przewidzianego dla tego typu uroczystości. Z Krakowa pojedzie na nią około 70-osobowe przedstawicielstwo senatów obu uczelni. O stronę artystyczną zadba kwartet smyczkowy Akademii Muzycznej oraz Chór Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II Psalmodia, które wykonają m.in. utwory Mozarta, kompozytora szczególnie bliskiego Benedyktowi XVI. Od momentu abdykacji w lutym 2013 roku emerytowany papież mieszka w dawnym budynku klasztornym w Ogrodach Watykańskich.