Popiełuszko 19 października 1984 roku został zamordowany przez funkcjonariuszy IV Departamentu Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Wszyscy, którzy brali udział w zabójstwie, od dawna są już na wolności; ich przełożonych uniewinniono. Ostatnim miejscem posługi ks. Jerzego, od 20 maja 1980 roku, była parafia św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu. Jako rezydent był duszpasterzem robotników Huty Warszawa i służby zdrowia. W tym czasie nawiązywał liczne kontakty z opozycjonistami. Jak wspominają świadkowie, w jego mieszkaniu spotykali się ludzie z różnych środowisk: m.in. robotnicy, inteligencja, artyści. Kilkanaście razy w miesiącu odwiedzał związkowców w hucie, jeździł z nimi m.in. do Gdańska, gdzie spotykali się z Lechem Wałęsą. Towarzyszył im też w prywatnych uroczystościach: udzielał ślubów, chrzcił i odprawiał pogrzeby. W kościele św. Stanisława Kostki ks. Popiełuszko organizował wykłady dotyczące m.in. katolickiej nauki społecznej. Po wprowadzeniu stanu wojennego ks. Jerzy organizował liczne działania charytatywne, do których włączał młodych ludzi. Wspomagał prześladowanych i internowanych oraz ich rodziny. W podziemiach kościoła św. Stanisława Kostki gromadzona była m.in. żywność i leki. Uczestniczył w procesach aresztowanych za przeciwstawianie się prawu stanu wojennego. Wspierał więźniów politycznych. Nagrał kilka z rozpraw wnosząc do sali sądowej magnetofon schowany pod sutanną. Materiał, który wtedy powstał, był emitowany m.in. w Radiu Wolna Europa. Od 28 lutego 1982 roku odprawiał comiesięczne msze św. za Ojczyznę i wygłaszał kazania religijno-patriotyczne, w których w kontekście Ewangelii i nauki społecznej Kościoła ukazywał moralny wymiar rzeczywistości stanu wojennego. W mszach tych uczestniczyli przedstawiciele wielu środowisk, często miały one także oprawę artystyczną. W kazaniach nawoływał, by "zło dobrem zwyciężać" (wezwanie św. Pawła z Listu do Rzymian: Nie daj się zwyciężyć złu, ale zło dobrem zwyciężaj) - Trzeba zdawać sobie sprawę z sytuacji geopolitycznej w jakiej się znajdujemy, ale jednocześnie ta sytuacja nie może być wygodną zasłoną do tego, by rezygnować z należnych narodowi praw - mówił ks. Jerzy w jednej z homilii. W innej podkreślał, że "zło, które znosiło się jako coś nieuniknionego staje się nieznośne na myśl, że można się od niego uwolnić". - Życie trzeba godnie przeżyć, bo jest tylko jedno. Zachować godność człowieka, to pozostać wolnym, nawet przy zewnętrznym zniewoleniu - mówił ks. Popiełuszko. Działalność ks. Jerzego spowodowała, że stał się on celem ataków władz PRL, które zarzucały mu, że tworzy seanse nienawiści, organizuje wiece polityczne i bezprawnie gromadzi tłumy. Oskarżano go o polityczny fanatyzm, pomawiano o malwersacje finansowe i niemoralne prowadzenie się. Mnożyły się też próby zastraszenia (fałszywe oskarżenia, przesłuchania, inwigilacja, aresztowania). 19 października 1984 roku ksiądz Popiełuszko wracał z Bydgoszczy, gdzie odprawił mszę św. dla ludzi pracy w kościele Świętych Polskich Braci Męczenników. W pobliżu wioski Górsk, na terenie niezabudowanym, zatrzymali go trzej funkcjonariusze IV departamentu MSW, zajmującego się zwalczaniem Kościoła katolickiego: Grzegorz Piotrowski, Waldemar Chmielewski i Leszek Pękala. Popiełuszko został ciężko pobity, skrępowany sznurem i wrzucony do bagażnika esbeckiego auta. Kierowcę ks. Popiełuszki, Waldemara Chrostowskiego obezwładniono i wepchnięto do auta. Zdołał on jednak wyskoczyć z jadącego samochodu i dotarł do kółka rolniczego w Przysieku, a potem do jednej z toruńskich parafii. Tam przekazał informacje o uprowadzeniu księdza Popiełuszki.