W wyniku tego porozumienia po 50 latach przerwy do Warszawy mógł przybyć nuncjusz apostolski - został nim abp Józef Kowalczyk. Utworzono ambasadę polską przy Watykanie, a w 1993 roku został podpisany konkordat ze Stolicą Apostolską. Wznowienie stosunków dyplomatycznych poprzedziło przyjęcie przez Sejm 17 maja 1989 r. ustawy regulującej stosunki prawne między Kościołem i państwem w wyniku istotnych przemian politycznych i społecznych w kraju. Wieloletnie rozmowy pomiędzy przedstawicielami Stolicy Apostolskiej i Episkopatu oraz rządu zostały uwieńczone 17 lipca 1989 r. "Pasterze Kościoła w Polsce wraz z całym społeczeństwem katolickim witają z wielką radością wiadomość o wznowieniu (...) stosunków dyplomatycznych między Polską a Stolicą Apostolską. Dzień ten zostanie zapisany w historii Kościoła i Państwa Polskiego jako doniosły" - napisano w oświadczeniu Episkopatu wydanym w dniu przywrócenia stałego poselstwa papieskiego w Polsce. Jednocześnie biskupi przypomnieli, że stosunki dyplomatyczne między Polską a Stolicą Apostolską mają bardzo długą tradycję. Do Polski, niemal od zarania jej historii, przybywali legaci papiescy na synody, składali też wizyty na dworze królewskim. Stosunki te zostały zinstytucjonalizowane w 1555 roku, wówczas w Polsce została ustanowiona nuncjatura apostolska - jedna z najstarszych na świecie. Rok później rozpoczął w niej działalność pierwszy stały nuncjusz apostolski w Polsce Alojzy Lippomano. Kontakty z Watykanem nie były utrzymywane w czasie zaborów. Zostały odbudowane w 1919 roku, wkrótce po odzyskaniu niepodległości przez państwo polskie. Jej działanie zostało ponownie przerwane w wyniku II wojny światowej. Po 1945 roku nuncjusz apostolski nie mógł już wrócić do Warszawy. Po zakończeniu II wojny światowej Watykan i Episkopat Polski przez wiele lat podejmowały wysiłki na rzecz normalizacji stosunków między Kościołem a państwem i między Polską a Stolicą Apostolską. Z inicjatywy prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego, rozpoczęto spotkania strony rządowej i kościelnej, a 5 sierpnia 1949 r. zainaugurowała działalność Komisja Mieszana (dziś Komisja Wspólna Przedstawicieli Rządu RP i Konferencji Episkopatu Polski). Jednym z głównych tematów jej prac, zwłaszcza w latach 80., było wznowienie stosunków dyplomatycznych Polski i Watykanu. Pierwsze oficjalne kontakty między Stolicą Apostolską a ówczesnym rządem PRL nawiązano w 1971 r. Trzy lata później podpisano protokół ustanawiający stałe kontakty robocze pomiędzy rządem polskim i Stolicą Apostolską. Papież Paweł VI w maju 1978 r. oznajmił prymasowi Polski kard. Wyszyńskiemu wolę wysłania do Warszawy stałego przedstawiciela w charakterze delegata apostolskiego; decyzja ta została następnie potwierdzona przez papieża Jana Pawła I - o czym przypomina w liście z 11 kwietnia 1989 r. do prymasa Polski kard. Józefa Glempa Jan Paweł II. W przededniu przywrócenia stosunków dyplomatycznych, papież wyjaśniał także, że "obecność przedstawiciela Stolicy Apostolskiej w danym kraju, zwłaszcza katolickim, jest zwyczajną formą reprezentowania, na sposób stały, Biskupa Rzymu w Kościołach partykularnych, a także wobec państw i władz świeckich". Jan Paweł II mówił o tym wcześniej w trakcie swojej trzeciej pielgrzymki do ojczyzny, w przemówieniu do Konferencji Episkopatu Polski w czerwcu 1987 r. Pierwszym po II wojnie światowej nuncjuszem apostolskim w Polsce został mianowany 26 sierpnia 1989 r. ks. prał. Józef Kowalczyk. Sakrę biskupią przyjął 20 października 1989 r. w Rzymie z rąk Jana Pawła II. 6 grudnia 1989 r. w Warszawie nowy nuncjusz apostolski w Polsce złożył ówczesnemu prezydentowi Wojciechowi Jaruzelskiemu listy uwierzytelniające. Pierwszym w okresie powojennym ambasadorem RP przy Stolicy Apostolskiej został mianowany Jerzy Kuberski, ówczesny szef zespołu ds. stałych kontaktów między rządem i Stolicą Apostolską. Listy uwierzytelniające złożył Ojcu Świętemu 5 października 1989 r. Obecnie ambasadorem Polski przy Watykanie jest Hanna Suchocka.