Za odmowę przyjęcia uchodźców Komisja Europejska rozpoczęła w czerwcu postępowanie przeciwko Polsce o naruszenie unijnego prawa. Program relokacji był rozpisany na dwa lata i wygasł we wrześniu tego roku. Komisja jednak nie zrezygnowała z postępowania. Uznała, że chodzi o przestrzeganie unijnego prawa i po kilkumiesięcznej wymianie listów z Warszawą zdecydowała się skierować pozew do Trybunału Sprawiedliwości. A ten może nakładać wysokie kary finansowe jeśli w kolejnym pozwie Bruksela o nie zawnioskuje. Cała procedura może potrwać kilka lat. Polski rząd wnioskował do Komisji o umorzenie postępowania. Argumentował odmowę przyjmowania uchodźców względami bezpieczeństwa. Podkreślał, że kształtowanie polityki migracyjnej to prawo każdego państwa i zapowiedział, że jest gotów bronić racji przed Trybunałem. Polska argumentowała też, że w inny sposób okazuje solidarność w kryzysie migracyjnym - pilnuje zewnętrznych granic Unii i jest gotowa nieść pomoc osobom znajdującym się w obozach dla uchodźców poza Wspólnotą.