Przed początkiem epidemii Mahoney planował, że niedługo przejdzie na emeryturę. W styczniu wrócił z rejsu po Karaibach w ramach świętowania końca swojej długiej kariery zawodowej. Na oddziale intensywnej terapii Mahoney pracował przez blisko 40 lat. Leczył m.in. chorych na AIDS i świńską grypę oraz rannych w atakach terrorystycznych z 11 września 2001 roku. Po nadejściu epidemii do Nowego Jorku kierownictwo jego szpitala dało starszym lekarzom możliwość odejścia z pracy. Mahoney nie skorzystał z tej oferty; na pierwszej linii frontu walki z epidemią pracował do połowy kwietnia, gdy dostał gorączki. Od tego czasu jego stan stale się pogarszał. Chorujący na COVID-19 lekarz do końca nalegał, by leczyć go w państwowym szpitalu na Brooklynie, z którym związany był od lat. Gdy stan Mahoneya pogorszył się, przetransportowano go do szpitala na Manhattanie, który dysponuje lepszym sprzętem. Tam 27 kwietnia 62-latek zmarł w otoczeniu przyjaciół. By uhonorować zmarłego doktora na portalu crowdfundingowym utworzono specjalną zbiórkę dla młodych afroamerykańskich lekarzy. Wywodzący się z tej społeczności Mahoney był dla wielu z nich mentorem. Niektórzy nazywali go "naszym Jay-Z", porównując do legendy nowojorskiego rapu.