Ojciec Alberto D'Apolito, przebywający w otoczeniu Ojca Pio przez wiele lat, jego przyjaciel i biograf, tak wspomina rozmowę z lipcowego popołudnia 1968 roku: "Ojcze duchowny, co właściwie zamierzałeś uczynić tworząc Grupy Modlitwy? Ojciec Pio obdarzył mnie badawczym i litościwym spojrzeniem i odpowiedział: Przyprowadzić dusze do Pana Boga...zachęcić je do modlitwy... do modlitwy wspólnej... modlitwy z Jezusem. Dodałem: Ojcze, to co mówisz, jest prawdą, lecz nie było potrzeby organizować grup, które w pewnych miejscach przysporzyły problemów i wywołały plotki. Ojciec Pio, prostując moje spostrzeżenie, powiedział: Nie organizowałem grup; zaprosiłem dusze do wspólnej modlitwy, tak jak chce Pan Jezus. To oczywiście irytuje szatana, który jest zawsze gotów sprowadzić udręczenie. Zawsze polecałem i pragnąłem, żeby grupy prowadziły chrześcijańskie życie w rodzinach i społeczeństwie, rozwijały braterską miłość, troszczyły się o wzrost życia duchowego zgodnie z duchem franciszkańskim i we wszystkim były podporządkowane i posłuszne Kościołowi". Święte zamieszanie w Kościele Jaką siłą Kościoła się stały, ale też jaką polemikę i wątpliwości wzbudzały Grupy Modlitwy świadczą choćby dwa fakty: pierwszy, że owe pytania do Ojca Pio oraz jego odpowiedzi padały dwadzieścia jeden lat od momentu powołania do życia Grup Modlitwy. Drugim jest data oficjalnego zatwierdzenia Statutu Grup Modlitwy dokonanego przez sekretarza stanu, kardynała Agostino Casarolego dopiero w dniu 3 maja 1986 roku, choć już w lipcu 1968 roku Kongregacja do spraw Zakonów i Instytutów Świeckich uznała zarówno oficjalne istnienie, jak i działalność modlitewnego ruchu założonego przez świętego kapucyna z San Giovanni Rotondo. A całe święte zamieszanie w Kościele zaczęło się w 1942 roku, w którym papież Pius XII wezwał cały Kościół, a szczególnie kapłanów do ożywienia chrześcijaństwa przez tworzenie grup ludzi poświęcających się modlitwie. Na ten apel niezwykle szybko zareagował święty kapucyn, który mówił o sobie, że jest tylko modlącym się bratem. We wspomnieniach wielu ludzi Ojciec Pio zapisał się właśnie jako ten, który w szczególny sposób umiłował modlitwę, pojmowaną jako wartki dialog z Bogiem Ojcem. Co więcej, stał się wspaniałym nauczycielem, który swoją żarliwością modlitewną nie tylko zarażał, ale również kierował życiem wewnętrznym wielu ludzi. Przez wiele lat z wielką starannością i sumiennością tkał swoją modlitewną sieć z wyjątkowo mocnych nici jakimi były jego córki i synowie duchowi. Do nich też skierował swoje słowa: "Zawińmy rękawy. Jako pierwsi odpowiedzmy na apel Wikariusza Chrystusowego!", gdyż jak słusznie uważał "najwyższym apostolatem, jaki można wypełniać w Kościele, jest apostolat modlitwy". Córki i synowie duchowi posłusznie rękawy zawinęli, dzięki czemu grupy modlitwy Ojca Pio stały się jednym z pierwszych ruchów świeckich w Kościele.