Okrucieństwa i potworności wojny domowej, która wybuchła wiosną 1648 r. na Ukrainie, każą jednak baczniej przyjrzeć się powodom zwyrodnienia i szału niszczenia, jaki ogarnął Kresy polskie. Późniejsze mordy na Wołyniu, akcja Wisła czy działania UPA mają przecież korzenie w dalekiej przeszłości. Przerażające wyczyny kozackie, opisane w dziele "Jawen Mecula, kronika z lat 1648-1652" spisane przez Natana Hanowera, Żyda, który uciekł przed rozszalałymi mołojcami, określiły wyobrażenia o Kozakach i Polakach w XVII-wiecznej Europie i przeszły na pokolenia. Tropy konfliktu prowadzą również do akcji kolonizacyjnej rządów polskich na Ukrainie. Jest to jedna z najbardziej wypieranych narodowych traum polskich. Od czasu rozbiorów Polacy identyfikowali się z mesjanistycznym obrazem umęczonej Rzeczpospolitej, Chrystusa narodów, i trudno było i jest, pogodzić się z przypisywaną nam coraz częściej rolą ciemiężycieli. Z przykrością dowiadywaliśmy się z obcych dzieł, że Polacy także byli kolonizatorami i okrutnikami. "Stosunki między Polakiem i Ukraińcem przypominały najczęściej stosunki między panem a niewolnikiem" - napisał w 1987 r. Francuz Daniel Beauvois w monografii o Polakach na Ukrainie. Jednakże rzeczywista kolonizacja na Ukrainie zaczęła się znacznie wcześniej. Ogromne obszary wokół Dniepru, należące początkowo do Wielkiego Księstwa Litewskiego, zostały włączone do Polski na mocy unii lubelskiej w 1569 r. Polska dostała niezwykłą schedę: niezagospodarowane czarnoziemy, ale i niebezpieczne sąsiedztwo tatarskie, a nade wszystko lud kozacki, rekrutujący się z najbardziej dzielnych i awanturniczych osobników różnych narodowości, stanów i koloru skóry, niepogodzonych z ograniczeniami feudalnymi, chłopskimi, a mający aspiracje do stanu rycerskiego. Słynne morskie chadzki kozackie na Turcję niszczyły wybrzeża Morza Czarnego i niebezpiecznie naruszały pokój Rzeczpospolitej z islamskim supermocarstwem. Kozacy przecież byli poddanymi króla polskiego. Kolejnym czynnikiem konfliktogennym było przyśpieszenie kolonizacji słabo zagospodarowanej, pustej Ukrainy. Badania Zbigniewa Anusika i Henryka Litwina wykazują, że "dopiero w latach osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych XVI w. rozpoczęła się tu przemyślana i planowa działalność kolonizacyjna. Jej pionierami byli kniaziowie wołyńscy". Polacy na ogół trzymali się z dala od ziem "u krainy": w końcu XVI w. tylko Jan Zamoyski "penetrował Bracławszczyznę".