Wojna światowa zadała Kościołowi w Polsce ogromne straty. Pod okupacją niemiecką i sowiecką zginęły setki duchownych, w gruzach leżało wiele świątyń, rozbita została cała struktura życia kościelnego. Tragiczny był zwłaszcza los duchownych i wiernych z diecezji na Kresach Wschodnich II Rzeczpospolitej. Musieli opuścić ziemię swych przodków i rozpocząć od nowa budowanie wspólnot kościelnych na ziemiach zachodnich i północnych. Zaczynali często w miejscach, gdzie ostatnie katolickie parafie istniały przed setkami lat. 20 lipca 1945 r. przybył do Poznania, po latach spędzonych na wojennej tułaczce, prymas Polski kard. August Hlond. Oceniał, że decyzje, jakie miały zapaść na międzynarodowej konferencji w Poczdamie, są ostateczne i nie będą przez wspólnotę międzynarodową kwestionowane. Wiedział także, że każdego dnia na ziemie zachodnie i północne przybywały tysiące Polaków wysiedlanych z Kresów Wschodnich. Przed powrotem do kraju prymas wielokrotnie rozmawiał o tym z papieżem Piusem XII, który przekazał mu "szczególne pełnomocnictwa" do działań w kraju. Opierając się na nich kard. Hlond podjął chyba najważniejszą decyzję w powojennej historii Kościoła w Polsce. 15 sierpnia 1945 r. ustanowił nowy podział administracji kościelnej na ziemiach zachodnich i północnych. Wyznaczył także pięciu administratorów apostolskich - dla Olsztyna, Gdańska, Gorzowa Wlkp., Wrocławia i Opola - którym nadał szerokie pełnomocnictwa. Władze państwa, na przekór narodowej racji stanu, od początku kontestowały tę decyzję. Już we wrześniu 1945 r. władze te jednostronnie zerwały konkordat. Regulacje prawne zależały już wyłącznie od dobrej, a najczęściej złej woli państwowych urzędników. Prymas Hlond wielokrotnie piętnował nadużycia PPR, która - zwłaszcza po sfałszowanych wyborach w styczniu 1947 r. - jawnie dążyła do zniszczenia wszystkich niezależnych sił społecznych (o tych wyborach pisał Andrzej Krawczyk w artykule "Tak, czyli nie", POLITYKA 3). Prymas umarł 22 października 1948 r. po nagłej i krótkiej chorobie. W społeczeństwie długo krążyła plotka, że został otruty. Jego pogrzeb był ostatnią wielką manifestacją wolnej Polski. W obliczu śmierci wskazał swego następcę - młodego biskupa lubelskiego Stefana Wyszyńskiego, który miał kontynuować dzieło. Nowy metropolita warszawsko-gnieźnieński, a zarazem prymas Polski, rozpoczął urzędowanie, gdy nasiliły się prześladowania Kościoła. W więzieniach znalazły się setki duchownych. Zniszczono prawie wszystkie kościelne dzieła charytatywne, oświatowe, naukowe i kulturalne. Kościół był represjonowany oraz rozbijany od wewnątrz przez różne formacje tzw. księży patriotów. Z ich szeregów wywodzili się duchowni, którzy w 1951 r. objęli funkcje wikariuszy kapitulnych, gdy władze przegnały administratorów apostolskich, wyznaczonych przez kard. Hlonda. Podobny los spotkał diecezję katowicką, po wygnaniu w 1952 r. wszystkich śląskich biskupów, oraz krakowską, po pokazowym procesie grupy duchownych pracujących w tutejszej kurii. Pomimo wszystkich zagrożeń prymas szukał rozwiązań pozytywnych. Starał się przede wszystkim doprowadzić do stworzenia minimalnych gwarancji prawnych dla Kościoła. Kierując się takimi przesłankami, doprowadził 14 kwietnia 1950 r. do podpisania porozumienia z komunistycznymi władzami. Dawało ono pewne gwarancje Kościołowi, ale zawierało także sformułowania, które mogły być interpretowane jako uznanie ideologicznych pryncypiów rządzącej partii. Porozumienie wywołało kontrowersje. Wielu ważnych biskupów, m.in. metropolita krakowski kard. Adam Sapieha, oceniało je krytycznie. Także Stolica Apostolska nie kryła rozczarowania. Dzięki porozumieniu z władzami prymas zyskał jednak na czasie. Wiedział jednocześnie, że są granice ustępstw, których nie można przekroczyć. W takiej sytuacji znalazł się, gdy 9 lutego 1953 r. władze wydały dekret o obsadzie stanowisk kościelnych. Nowe prawo oznaczało próbę przejęcia kontroli przez państwo i partię nad wszystkimi decyzjami kadrowymi w Kościele. Prymas zaprotestował przeciwko temu w memorandum "Non possumus" (Nie możemy), złożonym w imieniu Episkopatu Polski władzom państwowym 8 maja 1953 r. Odrzucił w nim dyktatorskie zapędy władzy świeckiej. Zapłacił za to 3 latami spędzonymi w całkowitej izolacji w klasztorach w Rywałdzie, Stoczku Warmińskim, Prudniku i Komańczy. Nie wiadomo, w jakim stanie przetrwałby Kościół w Polsce, gdyby okres represji miał trwać dłużej, a organizacje "księży patriotów" zdołałyby okrzepnąć i przejąć większość kurii diecezjalnych, jak to miało miejsce na Węgrzech, w Czechosłowacji lub Jugosławii. Na szczęście dla Kościoła w Polsce ten najtrudniejszy okres nie trwał długo. Po buncie robotników w Poznaniu wiadomo było, że zmienić się musi także polityka wobec Kościoła. Uwięziony prymas spoglądał już daleko w przyszłość, planując wielki program odnowy religijnej i społecznej. Wiedział, że dla jego realizacji potrzebuje spokoju i czasu, a nie kolejnego powstania narodowego i rozlewu krwi. W tym duchu prowadził rozmowy w klasztorze sióstr nazaretanek w Komańczy z wysłannikami Władysława Gomułki - Zenonem Kliszką oraz Władysławem Bieńkowskim, które zakończyły się jego powrotem do Warszawy 28 października 1956 r. Wracał, mając obiecaną korektę dotychczasowej polityki wyznaniowej. Jednocześnie miał świadomość wszystkich ograniczeń i dramatyzmu sytuacji. Z trwogą obserwował wydarzenia na Węgrzech. Dlatego nie stawiał żądań, nawet uzasadnionych, które mogłyby zaostrzyć sytuację w kraju. Jego sukcesem zakończyły się prowadzone w dyskrecji negocjacje z władzami. Podpisane 8 grudnia 1956 r. tzw. małe porozumienie oznaczało odrzucenie najgorszych praktyk stalinowskiej polityki wyznaniowej.