Na fali zmian, które przyniósł Październik 1956 r., znacznemu ociepleniu uległy również stosunki państwa z Kościołem katolickim. Nowe władze z Władysławem Gomułką na czele zostały zmuszone do znaczącej modyfikacji dotychczasowej polityki wyznaniowej - uchwalono znacznie mniej restrykcyjny dekret o obsadzie stanowisk kościelnych, zlikwidowano referaty ds. wyznań w prezydiach powiatowych rad narodowych, wyrażono zgodę na wydawanie nowych tytułów prasy katolickiej, zezwalano na budowę świątyń i kaplic, a do szkół powróciły krzyże i nauka religii. Dość szybko okazało się jednak, że Gomułka traktował prawa przywrócone Kościołowi jako rozwiązanie taktyczne. Okrzepnięcie nowej ekipy władzy, rozwianie nadziei na uregulowanie stosunków z Watykanem za pośrednictwem prymasa Wyszyńskiego, a nade wszystko energiczna realizacja przez Kościół programu duszpasterskiego, związanego z milenium Chrztu Polski, spowodowały stopniowe odchodzenie od ustępstw. Momentem zwrotnym w polityce wyznaniowej państwa było brutalne najście milicji w lipcu 1958 r. na Instytut Prymasowski Ślubów Narodu na Jasnej Górze, konfiskata wydawnictw kościelnych oraz aresztowanie jego świeckich i duchownych pracowników. Dało to początek planowym restrykcjom wobec Kościoła katolickiego, przede wszystkim administracyjnym; nie wahano się używać sił policyjnych. Ograniczano budownictwo sakralne, laicyzowano życie społeczne, zwłaszcza szkolnictwo i służbę zdrowia, ograniczano działalność duszpasterską i drastycznie zwiększono obciążenia podatkowe Kościoła. Pod koniec 1959 r. wprowadzono państwowy nadzór nad seminariami duchownymi, a komisje kontrolne pojawiły się w seminariach w pierwszym kwartale roku następnego. Na nic zdały się protesty prymasa Wyszyńskiego w liście do I sekretarza KC PZPR, że "zagraża to wolności sumienia alumnów" i stanowi "próbę upokorzenia Kościoła i poniżenia duchowieństwa w oczach Społeczeństwa". W lipcu 1960 r. na wniosek Gomułki Biuro Polityczne podjęło decyzję o stopniowej likwidacji niższych seminariów duchownych. Jako pierwsze, jeszcze w tym samym roku, przestały istnieć seminaria w Gorzowie i Słupsku. Pod koniec 1962 r. pozostało jedynie dziewięć niższych seminariów (z 38 istniejących w 1959 r.), wśród nich NSD oo. kapucynów w Nowym Mieście nad Pilicą w powiecie rawskim.