Wieloletni dyrektor Biura Edukacji IPN prof. Paweł Machcewicz określił warsztat badawczy Marka Jana Chodakiewicza jako kuriozalny. O wcześniejszej pracy tegoż autora "Jedwabne, July 10. 1941: Before, During and After" Joanna B. Michlic, w naukowym roczniku "Zagłada Żydów. Studia i Materiały" nr 3, napisała: "Machcewicz wytknął Chodakiewiczowi szkolne wręcz błędy metodologiczne, polegające m.in. na zupełnie dowolnym i niedopuszczalnym mieszaniu informacji źródłowych, pochodzących z dokumentów wytworzonych przez działające po wojnie instytucje polityczne i rozmaitych zapisów wspomnieniowych, najczęściej powstałych wiele lat po wojnie, pisanych z aż nadto widoczną intencją polityczną". Te ostatnie nazwał dosadnie "śmieciami". Cytowane przez Chodakiewicza źródła są różnej wartości. Czasem - jak w przypadku Białostocczyzny i Rzeszowszczyzny - widać, że autor do ważnych kolekcji archiwalnych dotarł sam, znacznie częściej jednak są to wyrwane z szerszego kontekstu bądź po prostu streszczone fragmenty wspomnień uratowanych Żydów lub byłych polskich członków antykomunistycznego podziemia. Autor nie bada wiarygodności tych przekazów, a rozbudowane często ponad miarę przypisy służą ukryciu jego bezradności wobec bardzo złożonej problematyki. Bałagan z bazą źródłową w książce aspirującej do tytułu rozprawy naukowej jest jednym z powodów, by domniemywać, że autor prezentuje czytelnikom swój światopogląd polityczny, a nie udokumentowany sąd o powojennej rzeczywistości. Już w pierwszym zdaniu wstępu Chodakiewicz pisze: "istnieje tendencja, by uznawać, że Żydzi, którzy zginęli w Polsce po przybyciu armii sowieckiej latem 1944 r., padli w taki czy inny sposób ofiarą powszechnego polskiego antysemityzmu". Można by jego sprzeciw wobec takiego uogólnienia uszanować, gdyby dyskusja z tym poglądem została poprowadzona zgodnie z rygorami obowiązującymi historyka. A zatem należałoby przede wszystkim scharakteryzować dostępną bazę źródłową oraz jasno powiedzieć, w jakim stopniu autor zdołał ją sam przebadać, a w jakim opiera się na pracach innych badaczy, albowiem nie jest prawdą, że "stosunki polsko-żydowskie w okresie bezpośrednio po drugiej wojnie światowej nie interesowały dotychczas historyków", można raczej powiedzieć, że ich ustalenia nie zainteresowały Chodakiewicza. Ową bazę źródłową tworzą różnego typu teksty: jedne pochodzą z epoki (te są uznawane za najwartościowsze, bo nie nakładają się na nie późniejsze rozmowy, lektury, doświadczenia), inne mają dużą późniejszą metrykę; jedne wytworzyły instytucje, inne osoby prywatne; różna jest też ich wiarygodność, a jej ocena nie jest możliwa bez znajomości ówczesnych realiów, czyli, jak się dziś mówi, szerszego kontekstu. Oczywiście, nawet te najwcześniejsze przekazy też mogły być sfałszowane bądź podkoloryzowane, pisane pod presją środowiska, tak że argumentów przemawiających za autentycznością szukamy raczej w języku źródła.