Teolog komentując zamieszanie wokół byłego redaktora naczelnego "Tygodnika Powszechnego" powiedział, iż należy pamiętać, że każdy ksiądz jest reprezentantem Kościoła. Szczególnie dotyczy to takich znanych postaci jak ksiądz Boniecki, który przez wielu uznawany jest jako rzecznik Kościoła. W związku z tym powinien uważać na wypowiadane publicznie sądy, ponieważ każde jego słowo będzie analizowane. Ksiądz Chrostowski uważa , że w ostatnich latach wiele komentarzy ks. Bonieckiego dotyczących religii i teologii pozostawało w rażącym kontraście do stanowiska Kościoła. To - czytamy w wywiadzie - wprowadzało w błąd katolików i ludzi spoza chrześcijaństwa. W wywiadzie dla "Rzeczpospolitej" ksiądz Waldemar Chrostowski zaznacza też, że w ostatnim okresie wypowiedzi księdza Bonieckiego odbiegały od stanowiska biskupów i potrzeb wiernych. Uważa, że ksiądz Boniecki reprezentuje stanowisko "katolicyzmu otwartego", a to otwarcie Kościoła sprzyja, by z niego wychodzić, a nie do niego wchodzić.