Sprawa rzekomej współpracy abp. Kowalczyka z wywiadem PRL jako kontaktu informacyjnego wywiadu o pseudonimie Cappino wypłynęła prawie dziesięć lat temu. Pod koniec 2008 r. abp Kowalczyk, będący wówczas nuncjuszem apostolskim w Polsce, poprosił Komisję Historyczną Metropolii Warszawskiej o zbadanie ewentualnych materiałów w IPN dotyczących jego osoby. Na początku 2009 r. komisja ujawniła wyniki pracy. Ustaliła, że ks. Józef Kowalczyk był inwigilowany przez SB co najmniej od 1963 r., a gdy wyjechał do pracy w Rzymie, znalazł się w centrum zainteresowania Departamentu I Ministerstwa Spraw Wewnętrznych (wywiad). 15 grudnia 1982 r. został zarejestrowany jako KI (pseudonim Cappino). "(...) istniejące materiały nie zawierają żadnych przesłanek wskazujących na współpracę ks. prał. Józefa Kowalczyka z organami bezpieczeństwa PRL" - uznała wtedy komisja. Jak podaje gazeta, w dokumentach IPN - do niedawna przechowywanych w tzw. zbiorze zastrzeżonym - są dwa, które wyszły spod ręki Janusza Czekaja (w latach 1983-1988 pracował w Rzymie - oficjalnie jako dyplomata, a w rzeczywistości jako oficer wywiadu o pseudonimie Tibor, który miał kontaktować się z KI "Cappino"). W raporcie z lipca 1985 r. napisał on o abp Kowalczyku: "Współpraca niesystematyczna. Zgodnie z instrukcją wyjazdową próba udyspozycyjnienia źródła spowodowała praktyczną odmowę współpracy. Teoretycznie o dużych możliwościach informacyjnych" (IPN BU 3246/164, t. 1, k. 56). Z kolei w dokumencie z maja 1988, napisanym w związku z zakończeniem pracy w Rzymie czytamy o "Cappino": "Duchowny polski, bezpośrednie dotarcie do obiektu (Sekretariat Stanu). Praktycznie nie został pozyskany. Niechętny do współpracy. Towarzysko przyjemny i sympatyczny" (IPN BU 3246/164, t.2, k. 52). Więcej w "Rzeczpospolitej".