Po rozwiązaniu Wojskowych Służb Informacyjnych ich Bazę Ewidencji Operacyjnej przejęła kierowana przez Macierewicza Służba Kontrwywiadu Wojskowego. Baza zawierała dane objęte "wieczystą ochroną". Gdy odchodził on z SKW, z jej siedziby wywieziono dokumentację WSI oraz komputerową bazę agentury. Bezprawnie skopiowano ją na kilka twardych dysków. Wróciły one do SKW 1 lipca 2008 r. Nie wiadomo, kto miał do nich dostęp. Kontrwywiad zawiadomił o tym prokuraturę, śledztwo trwa.