Zmarły muzyk był aranżerem i klarnecistą. Po ukończeniu szkoły muzycznej w Gdańsku pracował w Filharmonii Gdańskiej, a potem w Teatrze Muzycznym w Gdyni. Jego uczniem był m.in. Leszek Możdżer, który pierwsze jazzowe doświadczenia zdobywał w zespole Kowalskiego. Od 1991 roku Emil Kowalski prowadził własny kwintet, w którym grało wielu wybitnych muzyków. Koncertował w ponad 30 krajach, współpracując z wieloma znakomitymi muzykami zagranicznymi. W 1999 roku nagrał płytę "Children of Bird" poświęconą Charliemu Parkerowi, w 2002 - "Kolędy", a rok później - "Emil Kowalski playing Benny Goodman". Był także współautorem pięciu innych albumów jazzowych. Od 1999 roku w prestiżowej ankiecie czasopisma "Jazz Forum" zajmował pierwsze miejsce jako najlepszy polski klarnecista jazzowy.