Rozpoczęte w lipcu ubiegłego roku postępowanie dotyczące prezydenta Sopotu było przedłużane już kilkakrotnie. Ostatni wyznaczony przez prokuratorów termin mija 14 lipca. Jak poinformował Trynka, śledztwo zostało przedłużone o kolejne trzy miesiące. Postępowanie wszczęto po tym, jak do prokuratury zgłosił się trójmiejski przedsiębiorca Sławomir Julke. Zeznał on, że w marcu 2008 roku Karnowski zażądał od niego łapówki w postaci dwóch mieszkań. Zdaniem biznesmena, który planował przebudować strych kamienicy w Sopocie, prezydent chciał dostać lokale jako zapłatę za pomoc w uzyskaniu od swoich urzędników koniecznych pozwoleń na przebudowę. Julke dostarczył prokuraturze nagranie rozmowy z Karnowskim, która miała dowodzić winy prezydenta. W efekcie postępowania wobec Karnowskiego, pod koniec stycznia br. gdańskie biuro Prokuratury Krajowej (w kwietniu br. włączone do gdańskiej Prokuratury Apelacyjnej) zarzuciło mu przyjęcie korzyści majątkowych w wysokości ponad 67 tys. zł od miejscowego dilera samochodowego Włodzimierza Groblewskiego. Diler miał sprzedać prezydentowi po zaniżonej cenie (w sumie o 52,2 tys. zł) trzy auta, serwisować je za darmo (wartość usług oceniono na 13,4 tys. zł) oraz wykonać w domu Karnowskiego bezpłatnie prace remontowe warte 1,8 tys. zł. Kolejną - zdaniem prokuratury - łapówkę w postaci wykonanych bezpłatnie usług budowlanych o wartości 2 tys. zł, Karnowski miał przyjąć od innego miejscowego przedsiębiorcy - Mariana D. Oprócz przyjmowania łapówek w formie usług i przysług, prokuratura zarzuciła też Karnowskiemu, że zażądał od Julkego łapówki w postaci dwóch mieszkań. Śledczy zarzucają też Karnowskiemu, że w 2007 roku, przed przetargiem na samochody dla magistratu, złożył fałszywe oświadczenie, w którym stwierdził, że z firmą prowadzoną przez Włodzimierza Groblewskiego nie łączą go stosunki, które mogą budzić wątpliwości co do jego bezstronności wobec tej firmy. Po postawieniu zarzutów Karnowski został zatrzymany, a prokuratura wnioskowała o areszt, ale sąd w dwóch instancjach zdecydował, że prezydent pozostanie na wolności. Na początku kwietnia 2009 roku prokuratura uzupełniła jeden z zarzutów wobec Karnowskiego; uznała, że Karnowski skorzystał z dwunastu, a nie jedenastu bezpłatnych napraw oferowanych przez Groblewskiego. Dwunasta naprawa miała mieć wartość 3,7 tys. złotych. Prokuratura zdecydowała też o zastosowaniu wobec Karnowskiego środka zapobiegawczego w postaci poręczenia majątkowego w wysokości 35 tys. zł (Karnowski zapłacił je). Prezydent Sopotu zaprzecza wszystkim zarzutom. W kwietniu 2009, gdy prokuratura ujawniła, że Julke dostarczył jej jedynie kopię, a nie oryginał nagrania rozmowy z Karnowskim, pełnomocnicy prezydenta zażądali umorzenia śledztwa dotyczącego domniemanej łapówki w postaci dwóch mieszkań. Sam Karnowski zapowiedział, że złoży skargę w Trybunale w Strasburgu. W połowie maja 2009 roku odbyło się referendum, w którym mieszkańcy Sopotu opowiadali się czy chcą, by Karnowski pozostał na stanowisku prezydenta. Wynik głosowania okazał się dla niego korzystny. Karnowski zapowiedział jednak, że nie będzie startował w kolejnych wyborach samorządowych. Po nagłośnieniu całej sprawy Karnowski, który był jednym z założycieli Platformy Obywatelskiej na Pomorzu, zrezygnował z członkostwa w tej partii.