Jak poinformowała rzeczniczka Ministerstwa Finansów Magdalena Kobos, naczelnik wydziału II Urzędu Skarbowego w Gdańsku zwrócił się z wnioskiem do Prokuratorii Generalnej Skarbu Państwa o wniesienie powództwa w sprawie "zwrotu nienależnego świadczenia". Kobos dodała, że to właśnie Prokuratoria Generalna jest uprawniona do reprezentowania Skarbu Państwa w tego typu sprawach. Edyta Alagierska z sekretariatu Prokuratorii Generalnej potwierdziła wpłynięcie wniosku. - Przygotowujemy pozew - powiedziała. - Na razie nie ma obaw, każdy robi swoje. Niech występują - powiedział zwierzchnik gdańskiej diecezji, abp Sławoj Leszek Głódź, poproszony o komentarz do sprawy. Sprawa dotyczy ok. 14 mln zł, które w marcu 2007 roku gdański urząd kontroli skarbowej wypłacił Stella Maris jako zwrot podatku VAT i odsetki (sam podatek wyniósł ponad 7 mln zł, odsetki - prawie 7 mln zł) za transakcje przeprowadzone przez tę kościelną firmę między 1999 a 2002 rokiem. W rzeczywistości transakcje te były wyprowadzaniem za pośrednictwem Stelli, pod pozorem fikcyjnych usług konsultingowych, pieniędzy z prywatnych spółek. O sprawie z VAT napisała w marcu "Gazeta Wyborcza". Po publikacji Ministerstwo Finansów podjęło decyzję o przeprowadzeniu wewnętrznego postępowania wyjaśniającego. Poza przygotowywanym właśnie pozwem zmierzającym do odzyskania nienależnie wypłaconych świadczeń, efektem postępowania było zawiadomienie prokuratury o możliwości popełnienia przestępstwa przez urzędników, którzy podejmowali decyzje o zwrocie podatku i odsetek wydawnictwu Stella Maris. Przed gdańskim sądem od września 2008 r. toczy się proces głównych oskarżonych ws. afery w Stella Maris. Są to: 61-letni b. kapelan abp. Tadeusza Gocłowskiego i jego pełnomocnik w Stella Maris, ks. Z.B. (sąd pozwolił jedynie na podawanie inicjałów oskarżonych) oraz 46-letni b. dyrektor wydawnictwa, syn znanego trójmiejskiego adwokata T.W. Na ławie oskarżonych zasiada też m.in. współwłaściciel dwóch firm konsultingowych z Gdyni J.B., który w latach PRL był pracownikiem cenzury. Wszyscy odpowiadają przed sądem za współudział w przywłaszczeniu mienia ponad 20 spółek handlowych na kwotę ponad 67 mln zł, pranie pieniędzy oraz uszczuplenia podatkowe na szkodę Skarbu Państwa w wysokości kilkunastu milionów złotych. Grozi im do 10 lat więzienia. Według prokuratury afera Stella Maris polegała na tym, że firmy konsultingowe J.B. i jego oskarżonego wspólnika K.K. zawierały z różnymi spółkami kontrakty na doradztwo, których wykonanie powierzali z kolei kościelnemu wydawnictwu. W rzeczywistości usługi te były całkowicie fikcyjne i zlecenia nigdy nie zostały wykonane.