Na czaszkach i kościach widać otwory, które powstały prawdopodobnie od kul muszkietów. Inne uszkodzenia sugerują cięcia szablą. Niektóre kości mają także charakterystyczne narośle po syfilisie. Odkryte szczątki prawdopodobnie pochodzą z jakiejś wielkiej krypty, którą przeniesiono w czasie prac remontowych kościoła w XIX wieku: - Z tego by wynikało, że są to parafianie św. Mikołaja, czyli katolicka ludność Gdańska od średniowiecza po pierwszą połowę XIX wieku - mówił przeor Dominikanów z kościoła św. Mikołaja, ojciec Jacek Krzysztofowicz. Zapowiadane są już kolejne odkrycia. Krypta, w której pracują antropolodzy, ma zamurowane wyjście na korytarz. Przeor Krzysztofowicz mówi, że w najbliższych dniach tajemniczy mur zostanie rozbity.