Jak wyjaśnił na konferencji prasowej w Sopocie, będzie kandydatem niezależnym. Dodał, że jeśli jego była partia Platforma Obywatelska udzieli mu poparcia, to je przyjmie. Karnowski przyznał, że do startu w wyborach namówiła go grupa ponad 50 osób, która podczas weekendu zawiązała komitet wyrażający poparcie dla jego kandydatury. Wśród członków komitetu jest m.in. kilku miejscowych radnych PO i Samorządności Sopot, Jacek Taylor, Aleksander Hall, poseł PO Paweł Orłowski, szef Nadbałtyckiego Centrum Kultury w Gdańsku Larry Okey Ugwu, żeglarz Roman Paszke i aktor Ryszard Ronczewski. - Mam nadzieję, że będę mógł się jak najszybciej oczyścić ze wszystkich zarzutów w sądzie - powiedział Karnowski. Dodał, że nie ma żadnych przeszkód prawnych, aby jako oskarżony mógł pełnić funkcję prezydenta lub na nią kandydować. - To sąd orzeka ostatecznie o winie lub niewinności - zaznaczył. Akt oskarżenia przeciwko prezydentowi Sopotu Jackowi Karnowskiemu - zawierający sześć zarzutów, w tym pięć korupcyjnych - skierowała w środę do sądu Prokuratura Apelacyjna w Gdańsku. Prezydentowi grozi do ośmiu lat więzienia. Wśród zarzutów postawionych Karnowskiemu jest zażądanie w marcu 2008 r. łapówki w postaci dwóch mieszkań od miejscowego biznesmena Sławomira Julke. Zdaniem biznesmena, który planował przebudować strych kamienicy w Sopocie, prezydent chciał dostać lokale, jako zapłatę za pomoc w uzyskaniu od swoich urzędników koniecznych pozwoleń na przebudowę. Przedsiębiorca nagrał rozmowę z prezydentem Sopotu i dostarczył śledczym kopię nagrania. Jak zeznał Julke, dyktafon, na którym znajdował się oryginał, został zniszczony. W maju 2009 r. odbyło się w Sopocie referendum ws. odwołanie Jacka Karnowskiego z funkcji prezydenta miasta. Większość głosujących poparła Karnowskiego. Pomysł, aby to mieszkańcy kurortu zdecydowali o przyszłości prezydenta Sopotu, zgłosił on sam po postawieniu mu przez prokuraturę pierwszych zarzutów. W lipcu 2008 r. po nagłośnieniu afery sopockiej Karnowski zrzekł się członkostwa w Platformie Obywatelskiej, której był na Pomorzu jednym z założycieli.