Karnowski pozwał b. redaktora naczelnego "Rz" Pawła Lisickiego oraz b. dziennikarza tej gazety Piotra Kubiaka za cykl kilkudziesięciu artykułów o tzw. aferze sopockiej. Prezydent Sopotu domagał się od nich przeprosin oraz zapłaty po 250 tys. zł zadośćuczynienia. Dziennik ujawnił tę sprawę w lipcu 2008 r. Sąd Okręgowy w Gdańsku orzekł w środę, że powództwo Karnowskiego było zasadne i nakazał obu pozwanym zamieścić trzykrotnie na pierwszej stronie dziennika, w którym niegdyś pracowali oświadczenia, w których przeproszą powoda. W oświadczeniach tych ma znaleźć się m.in. sformułowanie, że zamieszczająca je osoba "wyraża ubolewanie i przeprasza pana Jacka Karnowskiego prezydenta miasta Sopotu" za opublikowanie na łamach dziennika "jednoznacznych sformułowań wskazujących, jakoby Jacek Karnowski złożył korupcyjną propozycję, w której żądał dwóch mieszkań w zamian za pomoc w uzyskaniu zezwolenia na rozbudowę kamienicy w Sopocie, co naruszyło dobra osobiste pana Jacka Karnowskiego". Poza papierowym wydaniem gazety, oświadczenia mają też być publikowane przez miesiąc na stronie internetowej dziennika. Poza tym pozwani mają też wpłacić powodowi 5 tysięcy zł. Prowadząca proces sędzia Urszula Malak uzasadniając wyrok uznała, że w części wskazanych przez powoda artykułów "Rz", gazeta "przedstawiała jednoznaczne stwierdzenia, iż powód złożył korupcyjną propozycję", choć takiego faktu nie potwierdzały "żadne orzeczenia sądowe". Zdaniem sądu dziennikarz i redaktor złamali tym samym art. 13 Prawa prasowego, który mówi: "nie wolno wypowiadać w prasie opinii co do rozstrzygnięcia w postępowaniu sądowym przed wydaniem orzeczenia w I instancji". Zasądzenie 5 tys. zł, a nie żądanej przez Karnowskiego kwoty pół miliona zł zadośćuczynienia sędzia umotywowała faktem, że naruszenie jego czci "tylko w niewielkiej części było skutkiem działań pozwanych". Zdaniem sadu niedogodności, jakich doznał prezydent miasta "były dotkliwe, ale nie sposób przypisać ich wszystkich pozwanym". Ani powoda ani żadnego z pozwanych nie było w sądzie na ogłoszeniu wyroku. Reprezentujący b. pracowników "Rz" mecenas Michał Majkowski zapowiedział, że decyzje co do ewentualnego odwołania się od wyroku jego klienci podejmą po zapoznaniu się z pisemnym uzasadnieniem wyroku. "Na pewno jestem szczęśliwy, że co do znaczącej części żądań pana Jacka Karnowskiego powództwo zostało oddalone" - powiedział dziennikarzom adwokat przypominając, że Karnowski żądał kwoty 500 tys. zł. Z kolei pełnomocnik Karnowskiego mec. Wojciech Grodzicki powiedział dziennikarzom, że "wyrok stanowi moralną satysfakcję" dla powoda, choć "niewątpliwie nie rekompensuje wszystkich doznanych przez niego krzywd dotyczących utraty dobrego imienia i naruszenia jego wizerunku". "Wyrok podkreśla również znaczenie rzetelnej pracy dziennikarskiej w demokratycznym państwie" - zauważył prawnik. Sam Karnowski, który przebywa za granicą, przesłał mediom po południu specjalne oświadczenie, w którym napisał m.in., że "cieszy się, iż Sąd podzielił zdanie dotyczące braku rzetelności dziennikarskiej, a wręcz złamania prawa przez byłych dziennikarzy +Rzeczpospolitej+". "Nadal uważam, że cała tzw. afera Julkego była wykreowana na zamówienie polityczne i będę dalej dochodził swoich praw wobec Sławomira Julke" - zapowiedział też Karnowski, który już kilka lat temu zawiadomił prokuraturę o fałszywym - jego zdaniem - oskarżeniu, jakie wysunął pod jego adresem Julke, posługując się zmanipulowanymi - w opinii Karnowskiego - dowodami (śledztwo w tej sprawie trwa, prowadzi je poznańska prokuratura). Według oświadczenia Karnowskiego o tym, iż "było to polityczne zamówienie, świadczy fakt włączenia się w całą sprawę liderów PiS jak Kurski, Kamiński czy Ziobro oraz to, że redaktor Kubiak, który kreował tę sprawę, za co został potępiony przez Radę Etyki Mediów, dostał po +dobrej zmianie+ nagrodę w postaci stanowiska rzecznika prasowego w państwowym koncernie Energa". Karnowski wielokrotnie podkreślał w trakcie procesu, że publikacje "Rz" przyniosły jemu samemu i jego rodzinie duże szkody materialne, a także niematerialne. W sądzie przekonywał m.in., powołując się na wycenę autorstwa jednej z firm zajmujących się monitoringiem mediów, że aby odwrócić negatywne skutki, jakie przyniosły jego wizerunkowi publikacje "Rz", trzeba by wydać dwa miliony zł. Prokuratura Apelacyjna w Gdańsku zajmowała się śledztwem ws. Karnowskiego od lipca 2008 r. Śledczy oskarżyli go o osiem czynów, w tym siedem natury korupcyjnej. Według nich Karnowski miał m.in. przyjmować darmowe naprawy samochodów i prace budowlane od sopockich przedsiębiorców. Najpoważniejszy zarzut związany był z zawiadomieniem złożonym przez przedsiębiorcę Sławomira Julkego, który twierdził, że Karnowski zażądał od niego łapówki w postaci dwóch mieszkań w zamian za przychylność urzędników ws. planowanej przez Julkego przebudowy strychu w sopockiej kamienicy. Prokuratura trzykrotnie kierowała do Sądu Rejonowego w Sopocie akt oskarżenia w tej sprawie. Dwukrotnie sąd zwracał prokuraturze akta do uzupełnienia o dodatkowe opinie, a w jednym przypadku sąd zdecydował także o umorzeniu niektórych zarzutów. Część wątków umorzyła też sama prokuratura apelacyjna. Z kolei wątek dotyczący oskarżeń Julkego został umorzony przez prokuraturę w Szczecinie. W trzecim - zakończonym w październiku 2015 r. procesie w tej sprawie - Sąd Rejonowy w Sopocie zajmował się trzema ostatnimi zarzutami, z których dwa miały naturę korupcyjną. Sąd uniewinnił Karnowskiego od obu zarzutów korupcyjnych. Uznał go za winnego poświadczenia nieprawdy w oświadczeniu związanym z przetargiem na auta dla Urzędu Miejskiego w Sopocie. Sąd uznał, że czyn ten cechował się znikomą szkodliwością społeczną i postępowanie w tej części warunkowo umorzył na roczny okres próbny. Wyrok nie jest prawomocny, prokuratura wniosła do sądu apelację.