Podczas procesu oskarżeni nie przyznali się do winy, a wzajemnie obciążające wyjaśnienia ze śledztwa nazwali "wymyślonymi" i "wymuszonymi przez policję". Dla trójki oskarżonych prokurator domagał się dożywocia; ich obrońcy chcieli uniewinnienia. Matka dziecka, Barbara Sural była oskarżona o zaplanowanie i kierowanie zabójstwem; zaś Robert Kwaśniewski, konkubent Barbary Sural, do którego Michałek mówił "tato" - o zabójstwo. Przed sądem mówił, że śmierć Michałka była przypadkiem - dziecko poślizgnęło się i wpadło do wody. Daniela Saletrę, kolegę Roberta Kwaśniewskiego prokuratura również oskarżyła o morderstwo. Do zabójstwa chłopca doszło 19 stycznia 2001 roku w Warszawie. Według prokuratury, dziecko zostało wrzucone do Wisły przez dwóch mężczyzn: konkubenta matki dziecka Roberta Kwaśniewskiego i jego kompana Daniela Saletrę. Według aktu oskarżenia, w planowaniu zabójstwa brała udział matka chłopca Barbara Sural. Michałka z przedszkola odebrali Robert Kwaśniewski z Danielem Saletrą. Kwaśniewski często odbierał chłopca. W przedszkolu Michałka - tak jak w wielu innych - osoba zgłaszająca się po dziecko najczęściej po prostu mówiła przez domofon, że po nie przyszła, i nie była widziana przez przedszkolanki. Ta okoliczność umożliwiła Barbarze Sural - która początkowo zgłosiła zaginięcie dziecka policji - twierdzenie, że chłopca zapewne porwał jego ojciec, rozwiedziony z nią Piotr S. Dlatego to jego początkowo podejrzewała policja. W śledztwie wyszło na jaw, że Barbara Sural właśnie tak zamierzała postąpić: oskarżyć Piotra S., by odwrócić uwagę od siebie. Piotr S. występuje w procesie jako oskarżyciel posiłkowy. Podczas wizji lokalnej nad Wisłą, oskarżeni byli przywiązani liną do policjantów, gdyż zapowiadali, że rzucą się do wody. Jeden z nich stwierdził wtedy, że "nie wie, dlaczego to zrobił". Obecność policjantów zapobiegła też samosądowi nad oskarżonymi przez zgromadzonych widzów. Zainteresowanie sprawą "przeniosło" się również na salę sądową. Podczas pierwszej rozprawy, gdy oskarżeni wchodzili na salę sądową zasłaniając twarze, krzyczano do nich: "wyżej łby", "no, pokażcie się". Jak stwierdził prokurator, nawet w areszcie trzeba chronić oskarżonych, gdyż niepisany wewnętrzny kodeks więźniów mówi, że "za krzywdę wyrządzoną dziecku odpowiada się własną głową". Oskarżeni nie przyznają się do winy. Zeznania świadków zarówno obciążały jak i oczyszczały ich. Sami oskarżeni również wzajemnie obciążali się w śledztwie. Według Roberta Kwaśniewskiego, wszystkie wcześniejsze zeznania były wymuszone na nim przez policję. Powiedział również, że wszystko to zmyślił. Dla wszystkich oskarżonych prokuratura wnosiła o dożywocie z możliwością ubiegania się o przedterminowe zwolnienie dopiero po 30 latach. Prokurator zażądał również pozbawienia ich praw publicznych na 10 lat. Jednym z dowodów, jakim dysponuje prokuratura na poparcie tezy o kierowanie przez Barbarę Sural zabójstwem są billingi rozmów z "komórki". Według prokuratury Barbara Sural była cały czas w kontakcie z mężczyznami i w każdej chwili "mogła przerwać przestępstwo". Na procesie oskarżeni odrzucili ten dowód, twierdząc, że nie posiadali telefonów komórkowych. Twierdzenie to nie spotkało się z ripostą prokuratury, i sprawa billingów nie była już poruszana na procesie. Po zabójstwie Michałka wiele przedszkoli w całym kraju zaostrzyło zasady odbierania dzieci przez rodziców lub opiekunów. Zaktualizowano m.in. listy z danymi osobowymi osób, które są uprawnione do odbioru dziecka. W wielu placówkach nie wystarcza już telefoniczne powiadomienie o zmianie osoby, która odbierze przedszkolaka. Trzeba zgłosić to osobiście. W wyjątkowych przypadkach przedszkola oddzwaniają do rodzica i potwierdzają informację.