Postawiono mu zarzuty dotyczące przestępstw przeciwko wolności seksualnej i obyczajności. Dwa tygodnie temu białostocki sąd rejonowy oddalił wniosek o areszt dla Małkowskiego. Zastosował wobec niego jedynie zawieszenie w pełnieniu obowiązków służbowych prezydenta Olsztyna. Prokuratura nadal jednak uważa, że podstawą do zastosowania aresztu w tej sprawie jest obawa matactwa a także fakt, że podejrzanemu grozi surowa kara. Prokuratura wciąż nie podaje szczegółów zarzutów postawionych Małkowskiemu. Nieoficjalnie wiadomo jednak, że jest wśród nich zarzut dokonania gwałtu. Prezydent Olsztyna został zatrzymany w związku z podejrzeniami molestowania urzędniczek i zgwałcenia jednej z nich. Wcześniej, gdy w mediach pojawiły się te zarzuty, zaprzeczał. Sprawa trafiła do Białegostoku z prokuratury olsztyńskiej, gdyż ta złożyła wniosek o jej wyłączenie, ze względu na możliwość pojawienia się ewentualnych zarzutów o brak bezstronności.