Transakcja zakupu papierów skarbowych za kwotę 1,5 mln zł miała miejsce w 2002 roku. Niedługo po niej stocznia ogłosiła upadłość. Proces w tej sprawie toczył się dwukrotnie. W pierwszym Sąd Rejonowy w Białymstoku uniewinnił obu oskarżonych od zarzutu m.in. nieumyślnego wyrządzenia znacznej szkody w majątku WFOŚ. Uznał, że ich działanie mieściło się w granicach ryzyka gospodarczego. Kupione obligacje miały bowiem przynieść Funduszowi zysk. Wyrok ten został uchylony a sprawa rozpoznana od początku. W drugim procesie, w maju tego roku, zapadły wyroki skazujące i w czwartek sąd okręgowy utrzymał je w mocy, oddalając apelacje obrońców. B. prezes WFOŚ Mieczysław I. został skazany na 1,5 roku więzienia w zawieszeniu na 3 lata, 12 tys. zł grzywny oraz na konieczność zapłacenia ponad 25,6 tys. zł tytułem częściowego naprawienia szkody. B. główny księgowy Funduszu Romuald S. został skazany na rok więzienia w zawieszeniu na trzy lata, 12 tys. zł grzywny i 19,7 tys. zł tytułem częściowego naprawienia szkody. Wyroki są prawomocne. Utrzymując je w mocy Sąd Okręgowy w Białymstoku podkreślił, że dokonywano obrotu znacznymi pieniędzmi państwowymi, a w takiej sytuacji nie można było decyzji podejmować - jak to ujął sąd - "po 5-10 minutach przemyślenia". Zwrócił też uwagę, że decyzji o inwestycji nie podejmował cały ówczesny zarząd WFOŚ, a także że przedstawiciel banku, przez który prowadzona była transakcja, ostrzegał, że obligacje stoczni były papierami wartościowymi niezabezpieczonymi, i jak niedługo potem się okazało - bez pokrycia. Zdaniem NIK i oskarżającej w tej sprawie Prokuratury Okręgowej w Białymstoku, nikt nie sprawdził, w jakiej sytuacji finansowej była stocznia. Prokuratura uważa, że nikt nie sprawdzał nawet prospektów emisyjnych obligacji. Miało być w nich napisane, że mają "niebezpieczny status", a celem ich wydania była spłata zadłużenia. Stocznia jednak obligacji nie wykupiła. Fundusze ochrony środowiska zarządzają środkami, które wpływają z tytułu opłat od firm i instytucji, np. kar za zanieczyszczanie środowiska. Pieniądze są przeznaczane na inwestycje związane ze środowiskiem i różne przedsięwzięcia (m.in. edukacyjne) promujące jego ochronę.