SA uwzględnił tym samym apelacje obrońców całej trójki, ale oddalił apelacje prokuratury i oskarżyciela posiłkowego, czyli przedstawiciela poszkodowanej firmy farmaceutycznej. W pierwszej instancji oskarżeni zostali skazani na kary więzienia w zawieszeniu i wysokie grzywny. Były dyrektor szpitala Mariusz M.: na dwa lata więzienia w zawieszeniu na pięć lat i 50 tys. zł grzywny, zaś dwie lekarki ze szpitala: na kary roku i ośmiu miesięcy oraz półtora roku więzienia (także z pięcioletnim zawieszeniem wykonania kary), oraz na 22,5 tys. zł i 15 tys. zł grzywny. Prokuratura zarzuca im, że wraz z testowanym lekiem na schizofrenię podawali inne, niedozwolone w tej sytuacji, i fałszowali dokumenty z tymi badaniami związane. Wyniki badań były więc niewiarygodne i nie do wykorzystania przez firmę. Byłego już dyrektora szpitala prokuratura oskarżyła również o to, że do NFZ przedkładano dokumentację, by uzyskać rozliczenie świadczeń zdrowotnych na rzecz pacjentów objętych badaniami, gdy szpital brał za to równolegle pieniądze od firm farmaceutycznych. Uchylając wyroki skazujące, Sąd Apelacyjny w Białymstoku zwrócił uwagę na błędy formalne i ocenił, że wyrok nie zawierał dokładnego określenia czynu, kwalifikacji prawnej, czyli czasu, miejsca, sposobu i okoliczności popełnienia przestępstwa, a także rozmiaru szkody. Sąd odwoławczy zwrócił też uwagę, że sąd okręgowy założył w swych ocenach np. podobną wysokość szkody wyrządzonej firmie farmaceutycznej przez każdą z osób oskarżonych, ale nie przyjął, iż działali "wspólnie i w porozumieniu". Sąd odniósł się też do zeznań świadków (uznał, że nie były jednoznaczne i przekonujące) i zwrócił uwagę, że trzeba było przesłuchać wszystkich uczestników badań, a nie tylko wskazanych przez prokuraturę. Sąd Apelacyjny przyznał za to rację sądowi pierwszej instancji, który nie podjął żadnej decyzji dotyczącej odszkodowania i obowiązku naprawienia szkody. W tej sprawie toczy się bowiem inne, cywilne postępowanie przed sądem w Warszawie, a dwa różne sądy nie mogą orzekać w tej samej sprawie.