Lekarz został zatrzymany w 2005 roku w wyniku policyjnej prowokacji. Po dwóch procesach prawomocnie go uniewinniono, co potwierdził też Sąd Najwyższy. Teraz prof. Hirnle domaga się do Skarbu Państwa około 700 tys. zł w formie odszkodowania za utracone zarobki oraz zadośćuczynienia za przeżycia związane z sześciotygodniowym pobytem w areszcie. Sprawa dotycząca kardiochirurga była bardzo głośna. W czerwcu 2005 roku szef kliniki w szpitalu Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku został zatrzymany w pracy i trafił do aresztu pod zarzutem przyjęcia 5 tys. zł łapówki. Podstawą zatrzymania była policyjna prowokacja - kobieta, która odegrała rolę córki pacjenta, zostawiła na jego biurku kopertę z pieniędzmi. Sprawa trafiła do sądu, Hirnle przez cały proces do zarzutów się nie przyznał. Mówił, że nie domagał się łapówki i nie wiedział, co jest w kopercie. Proces trwał długo, bo najpierw lekarz został skazany na karę więzienia w zawieszeniu i czasowy zakaz zajmowania stanowisk kierowniczych w służbie zdrowia, ale sąd drugiej instancji wyrok uchylił i sprawę nakazał rozpoznać jeszcze raz. Uniewinnienie, już prawomocne, zapadło w drugim procesie, ale w drugiej instancji, bo Sąd Rejonowy w Białymstoku warunkowo umorzył postępowanie i dopiero w procesie odwoławczym zapadł wyrok uniewinniający. Ostatecznie potwierdził go Sąd Najwyższy, oddalając kasację prokuratury. Sądy uznały, że w tym przypadku takiej prowokacji nie można było przeprowadzić legalnie, bez żadnych wcześniejszych wiarygodnych informacji o tym, że lekarz przyjmuje łapówki. Gdy ten proces trwał, rozpoczęło się śledztwo dotyczące samej prowokacji. Okazało się bowiem, że za wszystkim stał były podwładny Tomasza Hirnle z białostockiego szpitala. Sąd Rejonowy w Białymstoku wciąż zajmuje się tą sprawą, na ławie oskarżonych zasiada lekarz uznany za inspiratora prowokacji oraz trzech policjantów zajmujących się zwalczaniem korupcji.