W grudniu 2007 roku sąd skazał go na osiem miesięcy więzienia w zawieszeniu na dwa lata. Dodatkową karą jest roczny zakaz zajmowania stanowisk kierowniczych w placówkach służby zdrowia. Apelacje złożyli obaj obrońcy lekarza, a także on sam. Podnoszą w niej m.in. pominięcie przez sąd pierwszej instancji niektórych dowodów, a także nieuzasadnioną interpretację innych. Zwracają też uwagę, że dowody pochodzą z policyjnej prowokacji, której okolicznościami zajmowała się prokuratura. Ani w śledztwie, ani przed sądem Tomasz Hirnle nie przyznał się do zarzutów. Do zdarzenia doszło trzy lata temu. Lekarz tłumaczył, że nie wiedział co jest w kopercie zostawionej na jego biurku. Jego obrońcy napisali w apelacji, że nie miał świadomości, że chodzi o łapówkę. Gdy spostrzegł co jest w środku, schował kopertę do szuflady, bo do gabinetu weszła kolejna pacjentka i nie chciał, aby odniosła "fałszywe wrażenie", że przyjął łapówkę. Okoliczności tej akcji badała prokuratura w Krakowie i skierowała do sądu akt oskarżenia wobec siedmiu osób, w tym trzech policjantów. Wśród tych oskarżonych jest też lekarz z tego samego szpitala, uważany za inspiratora prowokacji. Zarzucono mu m.in. składanie fałszywych zeznań. Sąd drugiej instancji, a także sam oskarżony zgodzili się na publikację danych, a także prezentowanie w mediach jego wizerunku.