Z raportu wynika, że do wypadku doszło przede wszystkim z powodu nieuwagi maszynistów jednego z pociągów. Zignorowali oni wskazania semafora, wjechali na tor, na którym nie powinni byli się znaleźć i uderzyli w bok drugiego pociągu. Do podobnych wniosków dotyczących winy doszła też prokuratura kilka dni po katastrofie. Komisja dodaje jednak szereg innych nieprawidłowości. Pociąg, który został uderzony, wyjechał ze stacji zbyt wcześnie w stosunku do rozkładu jazdy, wyruszył także z niewłaściwego toru. Komisja ustaliła też, że dokumentacja na stacji Białystok nie była prowadzona w sposób prawidłowy. Do wypadku przyczyniło się też niewłaściwe umieszczenie semafora - jego obserwacja była utrudniona przez prowadzących pociągi. Maszyniści, którzy zagapili się i doprowadzili do zderzenia byli, zdaniem Komisji, przemęczeni, bo pracowali dłużej, niż powinni. Nie mieli wszystkich wymaganych przepisami badań lekarskich, a ich bezpośrednim pracodawcą była firma, która nie ma licencji na przewóz towarów niebezpiecznych. Do tego druga lokomotywa wchodząca w skład tego pociągu miała wyłączone automatyczne czujniki zbliżających się przeszkód. Komisja Badania Wypadków Kolejowych przedstawiła też ostateczny szacunek strat w infrastrukturze - to ponad 30 mln złotych. Do tego należy doliczyć koszty produktów naftowych przewożonych w cysternach, które się spaliły.